叶菜型甘薯叶绿体基因组及其特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李国良

作者： 李国良;张鸿;林赵淼;许泳清;许国春;李华伟;纪荣昌;罗文彬;邱永祥;邱思鑫;汤浩

作者机构：

关键词： 叶菜型甘薯;叶绿体基因组;SSR;系统发育分析

期刊名称： 西南大学学报(自然科学版)

ISSN： 1673-9868

年卷期： 2023 年 010 期

页码： 43-53

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探明叶菜型甘薯叶绿体基因组特征及其与番薯属植物的亲缘关系，以叶菜型甘薯‘福菜薯18号’为试验材料，利用BGISEQ-500平台和Oxford Nanopore Technologies单分子测序技术对全基因组进行建库测序，并组装其叶绿体基因组.结果显示：叶菜型甘薯叶绿体基因组全长161 387 bp,具有典型的环状四分体结构，其大单拷贝区（large single copy, LSC）、小单拷贝区（small single copy, SSC）和2个反向重复序列（inverted repeat, IR）的长度分别为87 597, 12 052和30 869 bp.注释共得到132个基因，包含87个蛋白编码基因，8个rRNA基因，37个tRNA基因.在叶菜型甘薯叶绿体基因组中共搜索到54个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序个数分别为32, 4, 3, 11, 2和2个.系统进化分析表明，叶菜型甘薯与甘薯四倍体野生种Ipomoea tabascana和二倍体野生种Ipomoea trifida具有较近的亲缘关系.

分类号： S531

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