印度南瓜延伸因子基因CmEF1a的克隆与分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 朱海生

作者： 朱海生;刘建汀;温文旭;李永平;王彬;陈敏氡;温庆放

作者机构：

关键词： 印度南瓜;延伸因子;内参基因;表达分析

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2019 年 06 期

页码： 1096-1104

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 真核生物延伸因子(EF1a)是一种重要的内参基因,广泛应用于RT-qPCR中。为获得印度南瓜EF1a基因,开发合适的荧光定量PCR引物,本研究通过转录组测序和RT-PCR方法获得了1条长度为1 701 bp的cDNA,命名为CmEF1a,GeneBank登录号:MH310443。结果表明,CmEF1a包含1个ORF,大小为1 344 bp,编码447个氨基酸,理论分子大小约为49.30 kD,蛋白质等电点为9.14。Wolf Psort分析发现, CmEF1a蛋白亚细胞定位于细胞质基质中;Motif Scan分析显示, CmEF1a蛋白质的氨基酸序列2～432位和322～430位分别为EF1结构域和EF1的C端保守结构域。同源性分析表明,CmEF1a基因编码的蛋白质与同为葫芦科的中国南瓜、甜瓜和黄瓜同源蛋白的相似性达到99%,具有高度的保守性。在此基础上设计了1对RT-qPCR引物,该引物具有较高的特异性和扩增效率,在印度南瓜不同组织和不同胁迫处理下均能稳定表达,适合作为内参基因应用于印度南瓜基因表达研究。本研究结果为印度南瓜重要功能基因的表达分析及相关分子调控机制的研究奠定了一定的理论基础。

分类号： S642.1

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