基于转录组数据高通量发掘灰茶尺蠖微卫星标记

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王定锋

作者： 王定锋;李良德;李慧玲;李金玉;吴光远

作者机构：

关键词： 灰茶尺蠖;SSR;转录组;重复基元

期刊名称： 茶叶学报

ISSN： 2096-0220

年卷期： 2021 年 004 期

页码： 191-197

摘要： 灰茶尺蠖Ectropis grisescens是一种重要的茶树害虫,在我国主要产茶区均有分布。为高通量发掘该虫的SSR标记,利用MISA软件对灰茶尺蠖转录组中66468条unigenes进行SSR检测。结果显示,共找到18339个SSR位点,出现频率为27.59%。这些SSR位点分布在13465条unigenes中,分布频率为20.26%。单核苷酸是主要重复类型,占SSR总数的68.14%。灰茶尺蠖转录组SSR中共发现84种重复基元,其中单核苷酸重复基元A/T出现频率最高,占总量的65.47%。10次重复的SSR数量最多有6822个,占总SSR的37.20%;其次是11次重复的为2526个,占13.77%。本研究表明灰茶尺蠖转录组中SSR位点数量大、出现频率高、基元类型极丰富,这些信息将为今后更好地利用SSR标记研究灰茶尺蠖种群遗传多样性、种群起源演化和害虫综合治理等提供参考。

分类号： S435.711

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