茄子果皮转录组SSR位点分析及标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王宏

作者： 王宏;聂智星;杨舒桓;邵志勇;王同林;郑积荣

作者机构：

关键词： 茄子(Solanum melongena L.);果皮转录组;SSR位点;标记开发

期刊名称： 北方园艺

ISSN： 1001-0009

年卷期： 2024 年 021 期

页码： 1-8

收录情况： 北大核心

摘要： 以茄子(Solanum melongena L.)果皮样品转录组的36 568条转录本为试材，采用MISA (MicroSAtellite)软件进行SSR位点搜索，研究SSR位点的分布频率和特征，同时利用Primer 3.0软件对检索出的SSR位点设计引物，验证引物有效性，以期为茄子的种质鉴定、亲缘关系分析、分子标记辅助育种及遗传图谱构建等提供参考依据。结果表明：在转录本中共检测出9 775个SSR位点，分布于6 289条转录本上，平均5.49 kb存在1个SSR位点，发生频率26.73%。SSR位点特征分析显示，单核苷酸为优势重复基元类型，占SSR位点总数的47.67%;A/T基元是数量最多的重复基元，占总数的46.13%;97.91%的重复基元的重复次数在5～25,92.21%的SSR重复序列长度分布在10～30 bp。对所有SSR位点进行引物设计，共获得6 619对EST-SSR引物。随机选择27对EST-SSR引物在12个茄子自交系中进行PCR扩增，引物有效性为92.59%,多态率为33.33%。

分类号： S641.1

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