全基因组水平金银花TCP基因家族的鉴定及表达模式分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 谭政委

作者： 谭政委;郭水柱;苏小雨;孙瑶;余永亮;李磊;张利超;许兰杰;鲁丹丹;安素妨;李春明;梁慧珍;王子君

作者机构：

关键词： 金银花;TCP转录因子;基因家族;共线性分析;系统进化;表达模式

期刊名称： 中草药

ISSN： 0253-2670

年卷期： 2024 年 55 卷 005 期

页码： 1665-1676

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的 对金银花Lonicera japnica TCP(LjTCP)基因家族进行鉴定分析,以期为进一步研究LjTCPs的功能机制奠定基础.方法 以金银花基因组数据为基础,通过生物信息学系统分析TCP基因家族在染色体上的分布、系统进化、基因结构、启动子元件及其表达模式.结果 共鉴定出17个LjTCPs,其中16个LjTCPs分布在9条染色体上,LjTCP17未定位到染色体上,基于系统进化树和多重序列比对,LjTCP基因家族可以分为PCF、CIN和CYC/TB1 3个亚家族,分别包含9、6、2个LjTCPs.基因组内共线性分析表明,全基因组复制和片段性复制在LjTCP基因家族进化中发挥了重要作用.LjTCP基因家族启动子包含许多与植物生长发育、激素响应,以及非生物和生物胁迫相关的调控元件.表达模式分析表明,LjTCP基因在金银花花发育初期表达量较高,随着发育进程表达量呈现下降趋势,并且LjTCP05、LjTCP13、LjTCP14、LjTCP16和LjTCP17基因在花青素含量不同的品种中表达量存在差异.对6个具有低温响应元件的LjTCPs在冷胁迫下的基因表达研究表明,大部分基因在冷处理后基因表达呈现上升趋势.结论 金银花TCP基因家族包含17个成员,各成员的分子特征和表达模式存在差异.

分类号： R286.2

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