基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王树彬

作者： 王树彬;张志刚;王荣花;李巧云;王立华;胡新新;赵智中;刘栓桃

作者机构：

关键词： 第三代高通量测序技术;单分子纳米孔测序技术;大白菜;抽薹期;全长转录本

期刊名称： 山东农业科学

ISSN： 1001-4942

年卷期： 2024 年 56 卷 011 期

页码： 1-12

摘要： 为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异，采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后，He102与06-247分别得到了6 051 557条和4 844 987条有效读段以及37 309条和30 415条非冗余全长转录本。两材料中共鉴定到46 485个非冗余基因，其中包括1 688个新基因。从He102与06-247中分别鉴定出2 421个和993个独有的可变剪切事件，内含子保留是最常见的可变剪切类型；分别鉴定到3 286个和2 646个独有的可变多聚酰胺酸位点。共筛选出453个lncRNA,80%以上的lncRNA属于基因间区非编码RNA,分别鉴定到81个和55个He102和06-247独有的lncRNA。在两材料中筛选到5 197个差异表达基因，其中He102中上调的有2 453个，下调的有2 744个，结合功能富集分析获得了41个与抽薹有关的候选基因。本研究结果揭示了不同抽薹期大白菜材料转录组在结构和表达上存在复杂的差异，这为阐释大白菜抽薹分子机理提供了新的线索。

分类号： S634.1

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