甘薯EST资源的SSR信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄立飞

作者： 黄立飞;房伯平;陈景益;张雄坚;罗忠霞

作者机构：

关键词： 甘薯;EST-SSR;基元

期刊名称： 植物生理学通讯

ISSN： 0412-0922

年卷期： 2009 年 01 期

页码： 23-27

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI公共数据库下载获得22371条甘薯EST序列,去除低质量的和冗余的序列后,得到总长为5.09×103kb的9204条唯一序列。从这些序列中搜索到总共436个SSR位点,平均相距11.68kb出现一个SSR。这些SSR的出现频率和平均长度分别为4.4%和24.28bp。在2～6bp的重复基元中,六核苷酸重复基元出现频率最高(30.96%),其次是三核苷酸重复基元(29.59%)和二核苷酸重复基元(24.54%)。出现最多的重复基元是AG/CT(16.28%),其次是AAG/CTT(11.01%)。

分类号： S531

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