基于简化基因组测序的娄门鸭遗传多样性评价

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘宏祥

作者： 刘宏祥;沈永杰;张丽华;章双杰;王靖;朱杰;陈瑜哲;朱春红;宋卫涛;张丹;陶志云;徐文娟;刘红林;李慧芳

作者机构：

关键词： 鸭;遗传多样性;群体结构;ROH;近交系数

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2022 年 006 期

页码： 1735-1748

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体（39公，124母）,翅静脉采血后提取基因组DNA,利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性（SNPs）;利用R软件计算个体水平的多态信息含量（PIC）、固定指数（Fix-index）、香农信息指数（SHI）、基因多样性指数（Nei）、有效等位基因数（Ne）以及本研究自创的相对多态信息含量（rPIC）等6个遗传多样性指标，并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标；同时利用admixture软件分析群体遗传结构，gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系，并分析连续性纯合片段（runs of homozygosity, ROH）以及基因组近交系数FROH,评估保种效果。结果显示，163只娄门鸭个体共检测到622 205个SNPs位点，质控过滤后得到374 455个高质量SNPs位点，其中50.70%的位点分布在NC＿040046、NC＿040047、NC＿040048和NC＿040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.154 1、0.192 9、1.336、0.296 9和0.410 9,对于SNPs而言，该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点，遗传多样性较为丰富；Fix-index值为0.320 8,说明娄门鸭群体出现了分化，这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致，且4个指标两两相关性均达到0.97以上，而Fix-index与其他4个指标的相关性较低，在0.23以下，说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2 966条ROH,ROH片段长度主要集中在0～2 Mb区间；基于ROH得到的基因组近交系数FROH在公、母鸭中分别为0.027 5和0.043 3,说明娄门鸭保种群近交程度较低；具体到染色体水平，NC＿040068、NC＿040074染色体的FROH值分别达到0.352 4和0.319 3。结果提示，娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富，群体基因组近交系数较低，但个别染色体的近交系数较高，且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配，消除目前的群体分化现象，并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域，避免个别染色体近交系数上升过快。

分类号： S834

  • 相关文献

[1]基于基因组SNP和ROH的剑白香猪群体遗传结构解析. 胡紫平,王立刚,宗文成,侯任达,苏艳芳,牛乃琪,王立贤,王源,张龙超. 2023

[2]基于全基因组重测序数据评估信阳水牛保种效果. 魏稚彤,高攀,高腾云,祁兴磊,王二耀,张子敬,刘贤,梁栋,付彤. 2025

[3]基于基因组SNP信息分析新疆夏洛莱牛群体的遗传结构和遗传背景初报. 蒋烈戈,彭健,代蓉,高攀,苏政,刘鹏,朱婷婷,钟发钢,赵博,蔡国宝. 2023

[4]西南地区小麦抗条锈病种质的遗传多样性及群体结构分析. 陈天青,黄芳,李文贞,蒋选利,王伟,刘冬成,阳文龙,张爱民,张立异. 2015

[5]湖南新田大冠岭野生大豆居群遗传结构与空间分布关系. 赵青松,赵云云,王朋,邓小娟,马启彬,年海,杨存义. 2014

[6]华北生态群普通杏遗传多样性与群体结构分析. 章秋平,刘冬成,刘威生,刘硕,张爱民,刘宁,张玉萍. 2013

[7]基于分型测序技术的粒用高粱遗传多样性和群体结构分析. 汪灿,周棱波,高旭,张国兵,程斌,曹宁,丁延庆,徐燕,邵明波,张立异. 2019

[8]甘蓝型油菜2009-2010年候选品种遗传多样性及群体结构. 许鲲,谷铁城,刘凤兰,李浩,陈碧云,高桂珍,伍晓明. 2012

[9]不同来源中国李(Prunus salicina L.)的多样性与近缘种关系. 魏潇,章秋平,刘宁,张玉萍,徐铭,刘硕,张玉君,马小雪,刘威生. 2019

[10]基于表型性状和SSR标记的山西省青狗尾草资源遗传多样性分析. 张耀元,任彦鑫,禾璐,张雁明,张彬,王兴春,李红英,韩渊怀. 2016

[11]基于SSR标记的花椰菜和青花菜遗传多样性分析. 盛小光,赵振卿,王建升,虞慧芳,沈钰森,王宣怀,顾宏辉. 2019

[12]西瓜核心种质遗传多样性分析及指纹图谱构建. 徐彦刚,姚协丰,李良俊,徐锦华,任润生,张曼,刘广,娄丽娜,朱凌丽,侯茜,徐建,羊杏平. 2021

[13]基于SSR标记的甜菜种质资源遗传多样性及群体结构分析. 赵尚敏,李晓东,付增娟,鄂圆圆,张辉,王良,张自强,郑文哲,张必周,白晨,张惠忠. 2021

[14]山西玉米丝黑穗病菌SSR遗传多样性与群体结构分析. 李新凤,尉天春,王雪梅,姜晓东,杨俊伟,冯铸,王建明. 2021

[15]基于KASP标记的贵州禾群体遗传多样性与结构分析. 吴娴,徐海峰,张志斌,王倩,宫彦龙,张习春,龙思芳,罗秦欢,宋莉,王忠妮,朱速松. 2021

[16]云南水稻种质资源的遗传多样性及群体结构分析. 陈越,陈玲,张敦宇,肖素勤,殷富有,王玲仙,王波,钟巧芳,付坚,程在全. 2019

[17]茄子种质遗传多样性及群体结构的SRAP分析. 谢立峰,李宁,李烨,姚明华. 2019

[18]利用SNP标记分析淳安花猪群体遗传多样性和群体结构. 戴丽荷,褚晓红,陈晓宇,杨娜娜,黄孙平,徐如海. 2021

[19]基于SNP芯片揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构. 赵久然,李春辉,宋伟,王元东,张如养,王继东,王凤格,田红丽,王蕊. 2018

[20]基于基因组信息的大蒲莲猪遗传多样性和群体结构变化分析. 张鑫,张婷,王怀中,杨晴,高世超,王彦平,王继英. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序