牦牛lncFAM200B的克隆鉴定、表达及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵丽玲

作者： 赵丽玲;王会;柴志欣;王吉坤;王嘉博;武志娟;信金伟;钟金城;姬秋梅

作者机构：

关键词： 牦牛;lncFAM200B;克隆;组织表达;肌肉发育

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2020 年 35 卷 005 期

页码： 220-230

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在克隆鉴定牦牛lncFAM200B,为探索其在牦牛肌肉和脂肪发育过程中的调控作用奠定基础.以臀肌cDNA为模板,设计特异性引物扩增lncFAM200B全长序列,用在线软件CPC、CPAT对该lncRNA的编码能力进行预测,进一步通过原核表达试验鉴定其编码能力;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对lncFAM200B进行组织表达分析,通过TargetScan 7.1和miRanda预测与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,利用DAVID在线软件对靶基因进行GO和KEGG分析.结果显示,牦牛lncFAM200B长度为531 bp;相较于普通牛多59 bp,编码潜能为-1.2874,且原核表达试验验证该lncRNA不具备蛋白编码能力,表明牦牛lncFAM200B确为lncRNA;组织表达谱研究表明,lncFAM200B在牦牛肺脏组织中表达量较高.与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,如Sirt1、SCD5、KLF9、PTEN和MYPN等,与肌肉和脂肪发育相关.为进一步探讨牦牛lncFAM200B在肌肉和脂肪发育中的生物学功能提供参考依据.

分类号： S823.85%Q78

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