基于转录组数据的连翘SSR分子标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 马致静

作者： 马致静;刘灵娣;温春秀;赵敏;李晓东;姜涛

作者机构：

关键词： 连翘;转录组;SSR分析;分子标记;种质资源

期刊名称： 特产研究

ISSN： 1001-4721

年卷期： 2025 年 47 卷 002 期

页码： 11-17

摘要： 为开发连翘简单重复序列（Simple sequence repeats, SSR）分子标记，并应用SSR分子标记进行连翘种质的亲缘关系分析，本研究利用MISA软件分析连翘转录组数据，随机筛选设计SSR引物，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳开发连翘SSR分子标记。研究分析显示，共获得217 959条Unigene序列，平均序列长度为1 169 bp,N50达到1 754 bp；对Unigene序列进行分析，发现了54 809个SSR位点，位点发生频率13.44%，平均分布距离8.69 kb；连翘转录组SSR信息中，单碱基重复比例最高（49.18%），其次为双碱基重复（29.67%）；连翘转录组中单个SSR位点信息中共包含561种重复基原，A/T(48.61%)、AG/TC(30.61%)分别为优势重复基原类型；序列长度在10～27 bp之间的SSR位点占SSR位点总数的96.30%。聚丙烯凝胶电泳筛选获得10对条带清晰、稳定性强且多态性明显的引物。利用10对引物对6份连翘种质进行遗传多样性分析，扩增得到25个等位基因，有效等位基因数平均值为1.86。本研究通过聚丙烯凝胶电泳开发出10对连翘SSR分子标记，能有效区分不同连翘种质资源，同时验证了SSR分子标记是连翘遗传多样性分析的一种高效、稳定的技术手段。

分类号： S567.19

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