文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李冬梅

作者： 李冬梅;吕复兵;朱根发;操君喜;孙映波;刘海林;王真

作者机构：

关键词： 文心兰;叶绿体基因组;密码子使用;对应分析;GC含量;最优密码子

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2012 年 39 卷 10 期

页码： 67-71

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子GC3含量为28.59%,明显低于GC1和GC2含量,说明密码子第3位富含AT。GC1与GC2极显著相关(r=0.572**),GC3与GC1(r=-0.051)和GC2(r=-0.08)均未达到显著水平。对应性分析表明第一向量轴上基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.556**),与GC3和ENC的相关系数分别为0.025和0.281,均未达到显著水平;GC含量与ENC、CAI以及第一向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.228、0.381*和-0.354*。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合,确定了17个为文心兰叶绿体基因组的最优密码子。

分类号： S682.31

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