茄子microRNAs与其靶基因的生物信息学预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张磊

作者： 张磊;晁江涛;崔萌萌;陈雅琼;宗鹏;孙玉合

作者机构：

关键词： 茄子;microRNAs(miRNAs);靶基因;生物信息学;EST

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2011 年 33 卷 07 期

页码： 116-124

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： microRNAs(miRNAs)是一类在真核生物中发现的长度为21 nt左右、非编码、内源性的单链小分子RNA,通过与靶基因的互补发挥转录后水平的负调控作用。目前,已在许多物种中报道了miRNAs的存在,然而还未见关于茄子miRNAs的报道。根据miRNAs在植物中的高度保守性及其前体的二级结构特征,文章通过同源预测的方法,将已知植物的miRNAs与茄子EST数据库比对,经过一系列的筛选,最终预测到12个家族的16条茄子miRNAs,其中包括3个miRNA家族的正义/反义miRNAs,而miR390和miR399家族的正义/反义miRNAs属于第一次发现。文章还通过在线软件psRNATarget预测到15条茄子miRNAs的71个靶基因,这些靶基因主要编码与茄子生长发育、新陈代谢以及胁迫响应等过程相关的蛋白。

分类号： Q943`S641.1

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