不同单细胞全基因组扩增体系扩增牛微量血液DNA效果评价

文献类型： 中文期刊

第一作者： 牛一凡

作者： 牛一凡;李崇阳;杨柏高;张培培;张航;冯肖艺;曹建华;余洲;马友记;赵学明

作者机构：

关键词： 全基因组扩增;MDA;MALBAC;微量DNA扩增体系

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 008 期

页码： 3436-3445

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过二代测序技术评估不同单细胞全基因组扩增(single cell whole genome amplification, scWGA)体系对牛微量血液基因组DNA的扩增效果，建立微量DNA全基因组扩增体系。本研究分别采用MDA(multiple displacement amplification)和MALBAC(multiple annealing and looping-based amplification cycles)两种scWGA体系对华西牛1 ng血液基因组DNA进行全基因组扩增，随后基于两种体系的扩增产物以及原始未稀释血液DNA构建测序文库，利用DNBSEQ-T7RS测序平台进行全基因组测序(whole genome sequencing, WGS),通过比较扩增产物片段大小、浓度、总质量评估扩增效率，通过分析GC含量、测序覆盖度、基因分型一致率、基因型检出率等评估两种体系的扩增效果。结果显示，MDA体系的扩增产物片段大于MALBAC体系(8 kb vs.0.2～2 kb),产物浓度和总质量显著高于MALBAC体系(P<0.05)。基于测序数据，1×和5×测序深度下，MDA体系的基因组覆盖度显著高于MALBAC体系(P<0.05),此外，MDA体系的分型一致率、检出率显著高于MALBAC体系，而等位基因缺失率、假阳性率显著低于MALBAC体系(P<0.05)。综上，本研究揭示了MDA和MALBAC两种扩增体系基于华西牛1 ng血液基因组DNA扩增的体系特点，为改进现有华西牛胚胎基因组选择中的关键扩增技术提供理论依据，促进华西牛遗传育种进展。

分类号： S823.2

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