昆虫基因组组装大小偏差的原因解析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 丛宇阳

作者： 丛宇阳;贺康;舒润国;程梓淇;陈昊;王亚琴;李飞

作者机构：

关键词： 昆虫;基因组大小;流式细胞术;基因组组装;重复序列

期刊名称： 植物保护学报

ISSN： 0577-7518

年卷期： 2021 年 06 期

页码： 1217-1225

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为明确昆虫基因组组装大小产生偏差的原因,利用流式细胞术估测来自6目10科的21种常见农业昆虫的基因组大小,同时从动物基因组大小数据库收集和整理1 345个经流式细胞术估测的昆虫基因组大小信息,并从NCBI、GigaDB、DDBJ、i5k workspace@NAL、InsectBase和VectorBase等14个物种遗传信息数据网站获取536种昆虫的基因组组装信息进行比较分析。结果表明,收集的昆虫中有202种同时具有流式细胞术估测的基因组大小和基因组组装大小的信息,以更接近真实值的流式细胞术估测基因组大小为参照,比较发现其中42种昆虫的基因组组装大小偏大,98种昆虫的基因组组装大小偏小,而62种昆虫的基因组组装大小和经流式细胞术估测大小相似。基因组组装大小比经流式细胞术估测大小更大的物种,通过Wilcoxon秩和检验发现显著具有更多的重复序列,但与GC含量、contig N50及基因组测序和组装策略并无显著相关性。综合分析认为,在大多数情况下昆虫基因组组装大小更小,表明组装并不完整,但在重复序列占比较高的情况下,昆虫基因组的组装出现了冗余,导致组装大小更大。

分类号： Q963

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