牦牛YTHDF2基因克隆及表达谱分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 马兰花

作者： 马兰花;张永峰;顾亚荣;陈祎玮;阎萍;潘和平

作者机构：

关键词： 牦牛;m6A阅读蛋白;YTHDF2;时空表达规律;生信分析

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2022 年 30 卷 008 期

页码： 1499-1509

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： YT521-B homology domains 2(YTHDF2)作为RNA结合蛋白,能够识别N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)修饰,在哺乳动物生长发育中起着关键作用.为了解牦牛(Bos grunniens)YTHDF2基因在牦牛脂肪沉积中的作用,本研究克隆牦牛脂肪组织中的YTHDF2 CDS区并进行生物信息学分析,利用qPCR技术探究YTHDF2 mRNA的时空表达规律.结果发现,YTHDF2 mRNA CDS区全长1743 bp,共编码580个氨基酸;YTHDF2亲缘关系与野牦牛最近;氨基酸等电点是8.87,不稳定系数(Ⅱ)为50.00,蛋白总平均亲水性为-0.66,YTHDF2蛋白总体表现出较强的亲水性,有1个大小为133 bp的YTH保守结构域,无信号肽和跨膜结构域,共有69个潜在磷酸化位点.YTHDF2蛋白高级结构由无规则卷曲(67.59%)、α-螺旋(15.15%)、延伸链(12.24%)和β-转角(4.66%)相互连接而成.YTHDF2与甲基化修饰相关蛋白相互作用,对RNA特异性结合具有重要作用.qPCR结果显示:在空间维度上,YTHDF2基因在牦牛7个组织中均有表达,背最长肌中表达量最高(P<0.05);时间维度上,18和30月龄2个阶段脂肪组织中的YTHDF2表达差异不显著;进一步研究发现在牦牛前体脂肪细胞分化过程中,YTHDF2表达量呈现上升的趋势,4、8和12 d的表达量显著高于0 d(P<0.05)).研究结果显示,牦牛YTHDF2是1个具有YTH保守结构域的碱性不稳定水溶性蛋白,初步表明YTHDF2在牦牛脂肪沉积过程中发挥着重要的作用.本研究为进一步研究牦牛YTHDF2基因对脂肪沉积调控及其功能提供了参考.

分类号： S823.9+2

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