基于简化基因组测序(SLAF-seq)对贵州辣椒品种亲缘关系分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 宋拉拉

作者： 宋拉拉;赵丹;苏丹;金学欢;夏忠敏;胡明文;秦利军

作者机构：

关键词： 辣椒;简化基因组测序;亲缘关系;单核苷酸多态性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2021 年 023 期

页码： 7995-8004

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为研究贵州地方辣椒品种亲缘关系以及开发其特异性SNPs标记,最终为实现创制贵州辣椒种质、优化育种策略和构建地方辣椒种质优势群体提供理论依据,本研究以收集的30份贵州地方辣椒品种为材料,利用简化基因组测序技术（SLAF-seq）对其进行测序、分析,同时以‘遵辣1号’基因组为参考基因组,以粳稻（Oryza sativa spp. Japonica）‘日本晴’为对照基因组,挖掘和开发贵州地方辣椒种质的特异SNPs标记。结果表明,从30份辣椒种质中共获得133.54 Mb读长数据,与‘日本晴’基因组数据双端比对效率高达96.28%,与参考基因组相比酶切效率为93.47%;进一步分析发现,测序平均Q30为93.47%,平均GC含量为39.45%,共筛选到127 064个SLAFs标签。系统进化树和PCA分析表明,30份贵州地方辣椒种质可能源自同一祖先,之后随着进化、演替以及人工选育引起了这些辣椒种质发生了分化。同时,这30份辣椒种质大致可分为3个亚类,其中虾子辣椒、绥阳朝天椒和黄杨小米辣等朝天椒可归属为一类,而线椒品种（六枝辣椒和独山线椒）和皱椒品种（黔西辣椒和平塘辣椒）分别属于不同的两大类。

分类号： S641.3

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