牛大力淀粉酶基因家族的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 涂冬萍

作者： 涂冬萍;王柳萍;赵立春;黄志其;翟勇进;白隆华;莫长明

作者机构：

关键词： 牛大力;转录组;淀粉酶基因家族;理化特性

期刊名称： 广西植物

ISSN： 1000-3142

年卷期： 2020 年 40 卷 009 期

页码： 1288-1299

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 该文基于不膨大和膨大的牛大力根的转录组测序结果,采用生物信息学技术对筛选到的28个牛大力淀粉酶基因进行分析.结果 表明:28个牛大力淀粉酶相关蛋白基因编码的氨基酸序列分子量为20.78~349.39 KDa;均为酸性蛋白部分;部分亚细胞定位在叶绿体;具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family结构域;二级结构中除MsAm1、MsAm7、MsAm8、MsAm15、MsAm16、MsAm22、MsAm23、MsAm28中α螺旋占比最大外,无规则卷曲的比例最大;三级结构预测具有α淀粉酶结构、β淀粉酶结构、异淀粉酶结构等;淀粉酶基因家族共有86个作用元件,MsAm9的作用元件最多(42个);系统发育树表明MsAm15、MsAm16归于1类,且均具有motif 2、motif 3、motif 7,MsAm4、MsAm24、MsAm26归于1类,与拟南芥淀粉酶进行比对,AtBM4和MsAm6归为一类,AtAM2和MsAm2归为一类,AtBM8和MsAm5归为一类,AtBM4和MsAm6归为一类,AtAM10和MsAm22归为一类,AtIM3和MsAm17归为一类.这些分析结果可为今后深入研究28个牛大力淀粉酶的生物学功能和调控机制提供一定的理论依据,为牛大力根部膨大的研究及品种的改良提供参考.

分类号： Q949

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