草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 董清华

作者： 董清华;王西成;赵密珍;宋长年;葛安静;王静

作者机构：

关键词： 草莓;EST;SSR;遗传多样性

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2011 年 44 卷 17 期

页码： 3603-3612

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17%、26.51%和19.87%。60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性。利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系。【结论】草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。

分类号： S668.4

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