尖孢镰刀菌全基因组密码子偏好性及特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 路景诗

作者： 路景诗;赵远征;王东;李晓杰;彭静文;张龙梅;张晓明

作者机构：

关键词： 尖孢镰刀菌;密码子偏好性;最优密码子;有效密码子

期刊名称： 北方农业学报

ISSN： 2096-1197

年卷期： 2022 年 50 卷 004 期

页码： 11-17

摘要： [目的]探究尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)全基因组的密码子使用模式,分析影响其密码子组成和编码特性的因素.[方法]以F.oxysporum全基因组数据为试验材料,利用CodonW、R等软件分析密码子偏好性及其影响因素.[结果]共得到18125条符合分析要求的序列;F.oxysporum的平均GC含量为51.46%,ENC值为24.31~61.00,且共有94.41%的ENC值大于45.亮氨酸和丙氨酸占比较高,分别为8.86%和8.29%;色氨酸和半胱氨酸占比较低,分别仅为1.61%和1.34%.F.oxysporum拥有33个高频密码子、19个最优密码子、密码子主要以G/C结尾;密码子基本参数相关性分析表明,GC1和GC2相关性极显著(P<0.01),GC3与ENC的相关性最强(P<0.01).[结论]尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)全基因组密码子偏好性主要受自然选择作用影响,同时GC3与ENC相关性最强;33个高频密码子和19个最优密码子主要以G/C结尾.

分类号： Q939.11%Q755

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