芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 唐玉娟

作者： 唐玉娟;赵英;黄国弟;付海天;宋恩亮;李日旺;金刚

作者机构：

关键词： 芒果;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子

期刊名称： 热带作物学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 008 期

页码： 2143-2150

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究利用CodonW、SPSS、Excel软件对芒果叶绿体基因组55条蛋白编码序列的密码子开展了中性绘图、PR2-plot、 ENC-plot和最优密码子分析。结果表明,芒果叶绿体基因的有效密码子（ENC）偏好性不强,分布在35.38～56.56;GC3s含量26.29%,说明密码子末位碱基以A/T结尾为主;ENC与GC3极显著相关。相对同义密码子分析,RSCU>1的密码子有31个,其中,以A和T结尾的29个,表明A和T是基因组偏爱的密码子。中性绘图、PR2-plot和ENC-plot分析表明,芒果叶绿体基因组密码子使用偏好受突变和选择等因素共同作用的影响。通过高频率密码子和高表达优越密码子相结合的方法进行分析,筛选出主要以A和T结尾的芒果叶绿体基因组最优密码子19个,分别是GCT、TGT、GAA、TTT、GGT、CAT、ATT、AAA、TTA、CCT、CAA、AGA、CGA、CGT、AGT、TCT、ACT、GTA和CTT。

分类号： S667.7

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