绵羊不同发育阶段背最长肌组织中可变剪接的鉴定与分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 鲍晶晶

作者： 鲍晶晶;浦亚斌;马月辉;赵倩君

作者机构：

关键词： 绵羊;可变剪接;差异剪接基因;RNA-seq

期刊名称： 生物技术通报

ISSN： 1002-5464

年卷期： 2019 年 35 卷 7 期

页码： 32-38

摘要： 可变剪接(Alternative splicing,AS)是动植物体内蛋白质多样性和遗传多样性的重要调控机制.为鉴定和分析绵羊不同发育阶段背最长肌组织中可变剪接,对多浪绵羊妊娠90日龄胎儿(F90)、出生后30日龄羔羊(L30)和成年3岁羊(A3Y)的背最长肌组织进行转录组测序,利用rMATS软件鉴定样品中的可变剪接事件和差异剪接基因(Differential splicing gene,DSG),并对DSG进行GO和KEGG功能富集分析.结果表明,绵羊背最长肌组织在F90、L30和A3Y时期分别鉴定出13923、11959和12164个可变剪接事件,其中外显子跳跃(Skipped exons,SE)的比例最高,约为70.69%,5'端可变剪接位点(Alternative 5'splice sites,A5SS)、3'端可变剪接位点(Alternative 3'splice sites,A3SS)、互斥外显子(Mutually exclusive exons,MXE)和内含子保留(Retained introns,RI)的比例分别约为7.28%、11.18%、5.96% 和4.84%.在F90_vs_L30、F90_vs_A3Y和L30_vs_A3Y比较组中分别鉴定到2545、2689和1701个显著的差异剪接基因(P<0.05).GO和KEGG功能富集分析显示,差异剪接基因显著富集到横纹肌发育、肌肉结构发育、肌细胞分化、肌膜、胰岛素信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路等与肌肉发育密切相关的通路上.上述结果表明可变剪接在背最长肌发育中发挥重要作用.

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