海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贺惠

作者： 贺惠;陈阳阳;王勋功;甄毓;米铁柱;于志刚;李迎

作者机构：

关键词： 氨氧化细菌;454高通量测序技术;illumina测序技术;克隆文库;沉积物

期刊名称： 海洋科学

ISSN： 1000-3096

年卷期： 2018 年 08 期

页码： 22-29

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(～491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, 454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言, 454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。

分类号： P736.21`Q938

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