基于RAD-seq的大口黑鲈选育群体快长SNP挖掘及其与生长性状的关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 华吉祥

作者： 华吉祥;陶易凡;李岩;王庆春;陈文华;诸葛燕;张茂友;董亚伦;路思琪;姜冰洁;强俊

作者机构：

关键词： 大口黑鲈;简化基因组测序;SNP;生长性状;优势基因型

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2024 年 003 期

页码： 241-256

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大口黑鲈（Micropterussalmoides）生长性状是衡量品质与产量的重要标准,开发快长SNP标记与挖掘优势基因型及生长主效基因,有助于进一步解析其生长发育遗传机制,为选育优质高产新品系奠定基础。基于简化基因组测序技术（restriction-site associated DNA sequencing, RAD-seq）,在大口黑鲈美国北方亚种F0生长性状极端群体（体重极大前1%和极小后1%）中,筛选了与生长性状存在潜在关联的SNP位点,利用一般线性模型（generalizedlinear model, GLM）将SNP位点基因型与230尾F0个体的体重、体长、体高和体厚进行相关性分析,此外通过基因注释信息预测生长候选基因,并结合优势基因型加性效应分析优势基因型聚合效果。在大口黑鲈23条染色体上发现了4196486个高质量SNPs,基于种群特异基因型频率阈值0.7,初步筛选出100个与生长性状潜在相关的SNP位点。关联性分析显示,有12个SNP标记存在显著关联,包括5个标记与体重显著关联, 10个与体长显著关联, 4个与体高显著关联, 5个与体厚显著关联。其中标记SNP19140160、SNP24406191、SNP3355498和SNP9244620分别定位至生长候选基因fam174b、diaph2、kiaa1549lb和ppip5k1b上。富集6～10个优势基因型的群体较富集0～5个优势基因型的群体在平均体重、体长、体高和体厚上分别提高了32.07%、9.63%、9.96%和10.58%。本研究所鉴定的12个快长SNP标记和4个生长候选基因可助力大口黑鲈生长性状改良。

分类号： S917.4

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