藜麦DAPB基因丰度及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨利艳

作者： 杨利艳;杨雅舒;杨小兰;朱满喜;王创云;邓妍;赵丽;郭虹霞;张丽光

作者机构：

关键词： DAPB;藜麦（Chenopodium quinoa）;基因丰度;生物信息学

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2021 年 001 期

页码： 34-40

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 二氢砒啶二羧酸还原酶（DAPB）是赖氨酸合成途径中的一个重要酶,在蛋白质和细胞壁的合成中起着重要作用。本研究基于KEGG总数据库分析表明,藜麦中DAPB的基因拷贝数远高于水稻、玉米及大豆等作物。对藜麦基因组数据筛选得到4个DAPB基因成员,均属于碱性蛋白质,氨基酸序列长度约330 bp,分子量为36.623～36.880 k D,等电点（p I）为5.79～6.01,最大疏水系数为0.028～0.123,为疏水性蛋白,亚细胞定位于细胞质中,不存在跨膜区。4个DAPB基因之间的Ka/Ks值均小于0.5,表明该基因在进化过程中比较保守。系统进化分析发现,藜麦DAPB家族成员位于同一个亚家族,且与菠菜的亲缘关系较近。启动子顺式作用元件分析结果显示,DAPB家族除含有TATA-box和CAAT-box以外,还含有多个参与激素响应、光照、低温及其它应激反应相关的顺式作用元件和转录因子结合位点,暗示藜麦DAPB家族成员可能参与以上多种响应。本研究分析了藜麦DAPB基因的拷贝数并对DAPB进行了生物信息学分析,可为进一步了解DAPB基因家族的生物学功能提供参考。

分类号： S519

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