葡萄病毒B内蒙古分离物全基因组序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘晓萌

作者： 刘晓萌;张磊;李小燕;付崇毅;宋培玲;孙平平;李正男

作者机构：

关键词： 葡萄病毒B;基因组;系统发育分析;重组

期刊名称： 果树学报

ISSN： 1009-9980

年卷期： 2022 年 39 卷 010 期

页码： 1911-1921

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】获得葡萄病毒B(Grapevine virus B,GVB)内蒙古分离物全基因组序列,并且分析该病毒基因组结构及与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系。【方法】以阳光玫瑰葡萄叶片为样品,提取RNA,根据NCBI中Genbank数据库中已报道的22条GVB全基因组序列的保守区分别设计3对GVB基因片段扩增所用引物,采用RT-PCR结合RACE技术,克隆GVB全基因组序列,并进行序列分析和同源性比对以及系统进化关系的分析。【结果】成功获得了2个GVB内蒙古分离物全长基因组(GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2),大小均为7609 nt,均编码5个开放阅读框(open reading frame,ORF)。GVB Hohhot-1、GVB Hohhot-2分离物与22个已报道的GVB分离物全基因核苷酸一致性分别为74.9%~96.5%和74.8%~96.4%。系统发育分析结果表明,24个GVB分离物基于全基因组序列构建的进化树分为2个大组,基于外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列构建的进化树分为4组。本研究中2个GVB内蒙古分离物与加拿大分离物(登录号:MZ440726)的亲缘关系最近,一致性分别为96.5%、96.4%。在24个GVB全长基因组序列间无重组事件。【结论】首次获得GVB内蒙古分离物的全基因组序列,分析了基因组的基本特征,并且阐明了该病毒与已报道的GVB分离物的序列一致性和系统进化关系,为我国GVB分类地位、病毒进化规律研究,以及后续开展侵染性克隆奠定了一定基础。

分类号： S663.1

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