甜瓜TCP基因家族全基因组的鉴定与表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李海伦

作者： 李海伦;高宁宁;郭姚淼;孙东玲;王月玲;谢夔熙;李鹏飞;段世享;赵卫星;杨森

作者机构：

关键词： 甜瓜;TCP基因家族;生物信息学分析;全基因组鉴定;表达分析

期刊名称： 河南农业科学

ISSN： 1004-3268

年卷期： 2025 年 54 卷 009 期

页码： 127-140

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： TCP基因家族是植物体内特有的、与植物生长发育的不同阶段密切相关的一类转录因子，在甜瓜中的研究鲜见报道。利用生物信息学方法对甜瓜TCP基因家族成员进行鉴定，并对其理化性质、亚细胞定位、系统进化、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式元件、miRNA及基因表达模式进行分析。结果表明，鉴定出29个含有TCP结构域的TCP基因家族成员，不均等地分布在9条染色体上。甜瓜TCP转录因子家族蛋白的氨基酸数在61～600 aa，分子质量在7 115.16～65 469.20 u，理论等电点在5.62～10.06。亚细胞定位预测分析表明，28个TCP蛋白定位在细胞核。根据系统发育分析可将家族成员划分为ClassⅠ和ClassⅡ2个亚家族，进一步细分为PCF、CYC/TB1、CIN 3个亚组。CmTCP基因结构都比较简单，均含有1或2个外显子，极少数基因含有内含子，29个基因都含有Motif 1，不同亚组成员含有的Motif存在差异。顺式元件预测分析显示，甜瓜TCP基因家族启动子序列以光响应、激素响应、生长发育调控等相关元件为主。miRNA预测分析得出25个miRNA与13个CmTCP基因相互作用。甜瓜基因组数据库RNASeq分析显示，26个CmTCP基因在甜瓜组织中既有明确的组织分工表达，又有特定的组织部位表达；qRT-PCR结果表明，CmTCP-CYC/TB1基因成员在甜瓜不同组织中的相对表达量差异显著。

分类号： S652

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