辣椒全基因组WRKY转录因子的分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刁卫平

作者： 刁卫平;王述彬;刘金兵;潘宝贵;郭广君;戈伟

作者机构：

关键词： 辣椒;WRKY;转录因子;生物信息学

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2015 年 42 卷 11 期

页码： 2183-2196

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于已公布的辣椒全基因组数据,利用生物信息学方法对辣椒WRKY转录因子家族进行全面鉴定和系统命名,并在此基础上对基因分类、染色体定位、系统进化关系和结构域序列保守性进行了研究。结果表明:辣椒CaWRKY家族包含71个基因,根据WRKY结构域的数量及锌指结构的特征可将其分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ等3大类,GroupⅡ又可分为Ⅱ(a)、Ⅱ(b)、Ⅱ(c)、Ⅱ(d)和Ⅱ(e)等5个亚类。辣椒12条染色体上均有WRKY转录因子分布,其中第1号染色体上分布最多,共有10个,第4号染色体上分布最少,仅有2个。辣椒每类/亚类WRKY几乎含有相同的保守基序。辣椒WRKY编码的蛋白在132~869个氨基酸范围内,平均氨基酸数量为373个。

分类号： S641.3

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