刀鲚内皮素1基因SNP多态性及其与颌骨性状相关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 高俊

作者： 高俊;周琳;聂志娟;王耀辉;徐钢春

作者机构： 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心;上海海洋大学水产与生命学院;南通龙洋水产有限公司

关键词： 刀鲚;Edn1基因;性状关联分析;双倍型分析;连锁不平衡

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2023 年 003 期

页码： 259-267

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究刀鲚（Coilia nasus）内皮素1 （endothelin 1, Edn1）基因对刀鲚上颌骨长度的影响,根据此前的基因组重测序结果以及刀鲚基因组数据库,通过PCR扩增得到刀鲚Edn1基因序列,并使用直接测序法筛选并分析单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）位点,分析各位点的基因型,并计算各位点的基本遗传参数、基因型频率和基因频率,将筛选出的SNP位点与刀鲚上颌骨长度性状进行关联分析、连锁不平衡分析和双倍型分析。结果表明,在刀鲚Edn1基因中共挖掘出5个SNP位点,分别为T134C、A418C、G1322A、C1607T、A1636C。G1322A与A1636C两个位点之间处于连锁不平衡状态。关联分析结果显示, T134C位点和A418C位点与上颌骨长度性状之间存在显著相关性;双倍型分析结果显示,T134C位点和A418C位点组成的双倍型中,D3（杂合TC和纯合AA）的上颌骨长度显著长于D1（纯合TT和杂合AC）和D2（纯合TT和纯合CC）。此外,刀鲚开口高度/头长和上颌骨长/头长的皮尔逊相关系数r=0.41,属中等正相关。研究结果表明, T134C位点和A418C位点是刀鲚上颌骨长度的优势位点,双倍型D3为优势基因型。本研究可为刀鲚长颌骨分子标记辅助选育的候选标记提供科学依据。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]猪MBF1基因的多态性及与生产性状的关联分析. 武华玉,程碧军,乔木,刘贵生,吴俊静,李良华,彭先文,梅书棋. 2016

[2]猪USF1基因的多态性及与生产性状的关联分析. 武华玉,乔木,黄京书,刘贵生,彭先文,李良华,吴俊静,梅书棋. 2014

[3]猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析. 乔木,程碧军,武华玉,胡华,吴俊静,刘贵生,梅书棋,彭先文. 2017

[4]猪ACADL基因单核苷酸多态性及其与脂肪沉积性状的关联分析. 乔木,郭咪咪,武华玉,吴俊静,王德才,刘贵生,梅书棋,彭先文. 2018

[5]水牛ApoB基因多态性与泌乳性状关联分析. 林雨昕,曹家瑄,孙晖,李俊,李华钊,吴祺鹏,邓廷贤,杨利国,滑国华. 2022

[6]小麦taf1位点的连锁不平衡分析. 朱晓滨,窦秉德,侯北伟,徐海风,杨晋彬,刘福霞,顾正中. 2009

[7]单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用. 杜春芳,刘惠民,李润植,李朋波,任志强. 2003

[8]小麦雌性育性与SSR分子标记的关联分析. 窦秉德,朱晓滨,张新玲,徐海明,侯北伟,徐海风,杨晋彬,高爱农. 2009

[9]绵羊微卫星3DDU和FecB基因的多态及连锁分析. 张宝云,储明星,王凭青,方丽,狄冉. 2009

[10]山西谷子核心资源群体结构及主要农艺性状关联分析. 王海岗,温琪汾,穆志新,乔治军. 2019

[11]海南短日照条件下谷子穗部性状的全基因组关联分析. 贾小平,张博,董志平,全建章,王永芳,张小梅,袁玺垒,李剑峰,戴凌峰. 2018

[12]半滑舌鳎有效群体大小估计. 王伟峰,崔瑜,蒋丽,王悦玲,王焕岭,李恒德. 2019

[13]关联分析在植物种质资源研究中的应用. 王秀全,何丹,庞启华,税红霞,卢庭启,蒋晓芳. 2014

[14]陆地棉种质资源群体结构与抗旱、耐盐性状的关联分析. 孙君灵,潘兆娥,何守朴,王立如,庞保印,杜雄明. 2013

[15]绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析. 谢秀兰,梁小军,马青,马小明,马丽娜,岳彩娟,杨炜迪,额尔和花. 2018

[16]猪十二号染色体上多个SNP与经济性状的关联分析. 杨述林,王恒,任红艳,李奎. 2006

[17]东北春大豆花荚脱落性状与SSR标记的关联分析. 王欢. 2014

[18]小尾寒羊微卫星座位LSCV043与FecB基因的连锁分析. 张林,李春苗,储明星,陈宏权,李学伟,方丽,狄冉,马月辉,李奎. 2009

[19]绵羊微卫星OarJL36和FecB基因的多态及连锁分析. 储明星,张宝云,王凭青,方丽,狄冉,马月辉,李奎. 2009

[20]引进陆地棉种质材料的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡. 杨洋,马君,李波,胡文冉,王玉晶. 2015

作者其他论文 更多>>

微信小程序