芹菜转录组数据SSR标记的开发及其遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈昌龙

作者： 陈昌龙;董岩;田宇;石妙涵;葛秀秀;谢华

作者机构：

关键词： 芹菜;转录组数据;SSR;多重毛细管电泳检测;遗传多样性

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2020 年 004 期

页码： 616-628

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 芹菜(Apium graveolens)是一种世界范围内重要的叶类蔬菜.目前芹菜的遗传研究需要一些有价值的分子标记.本研究利用GenBank中芹菜3套转录组数据中的高质量reads,通过序列拼接,得到39 619个unigenes序列,从中共识别到4 034个SSR位点,其中二核苷酸重复类型最为丰富,占43.9%(1772);其次为单核苷酸(26.7%, 1078)和三核苷酸类型(21.0%, 846);四、五、六核苷酸总计占1.3%(52);其余为复合型(7.1%, 286).在设计的375对SSR引物中,有39对在选择的5种不同来源的代表性芹菜材料中被成功验证,产生了清晰而稳定的高质量特异PCR产物.利用荧光标记PCR及多重毛细管电泳技术,在供试的76种芹菜材料中39个位点共检测出110个等位变异,平均每个位点2.821个,变化范围为2~4个;基因型数目变化范围为2~9,平均每个位点为4.308;平均多态信息含量(polymorphism information content, PIC)为0.256,变化范围为0.013~0.581;鉴别力(power of discrimination, PD)变化范围为0.026~0.764,平均为0.379.76种芹菜遗传多样性分析结果显示,本芹和西芹平均等位变异分别为2.641和2.436,Nei's指数平均分别为0.347和0.194,Shannon's指数平均分别为0.589和0.351,提示本芹的遗传多样性大于西芹.分子方差分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果表明,61.72%的变异来源于芹菜个体内,22.07%的变异来源于西芹和本芹群体内个体间,16.22%的变异来源于两群体间.主成分分析(principal component analysis, PCA)与UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic means)聚类分析结果一致,基本上西芹和本芹可分别聚成不同类群;但相比于西芹,本芹聚类相对离散,提示本芹的遗传变异可能相对丰富.本研究丰富了用于芹菜种质资源遗传多样性分析及分子鉴定的SSR标记,并建立了基于多重毛细管电泳的高效检测体系.

分类号： S636.3

  • 相关文献

[1]芹菜EST-SSR分析. 褚云霞,黄志城,李寿国,顾可飞,陈海荣,顾晓君. 2013

[2]津南芹菜EST-SSR指纹图谱的构建及遗传差异分析. 兰青阔,李欧静,张继波,赵新,朱珠,陈锐,徐石勇,王永,郭永泽. 2012

[3]芹菜种质资源亲缘关系的ISSR分析. 王武台,古瑜,韩启厚,吴锋,孙德岭. 2011

[4]普通丝瓜幼苗响应低温弱光核心基因共表达网络的WGCNA鉴定. 王炫榛,陈敏氡,刘建汀,曾美娟,叶新如,李永平,温庆放,朱海生. 2023

[5]35份皮燕麦种质遗传多样性的SSR和SRAP分析. 白晓雷,刘艳春,生国利,杨学文,王欣欣,唐超,路耿新. 2015

[6]基于SSR标记的梨资源遗传多样性分析. 张妤艳,吴俊,张绍铃. 2008

[7]大叶藻EST-SSR标记开发及其在大叶藻群体遗传多样性研究中的应用. 刘福利,刘坤,王飞久,孙修涛,汪文俊,梁洲瑞,马兴宇. 2013

[8]利用SSR对甘蓝型黄籽油菜遗传多样性的研究. 唐容,王通强,黄泽素,代文东. 2009

[9]32份水稻抗稻瘟病材料的SSR遗传多样性分析. 谭清群,杨学辉,何海永,陈小均,吴石平,袁洁,王云月. 2012

[10]贵州玉米种质资源遗传多样性及核心种质库构建. 王春梅,任洪,沈建华,赵晓燕,曹绍书,王竹. 2016

[11]104份苦荞种质的遗传多样性分析. 杨学文,丁素荣,胡陶,刘迎春,张晓荣,生国利. 2013

[12]广东5个野生大豆居群的遗传多样性分析. 赵青松,陈振伦,赵云云,张杰,马启彬,年海,杨存义. 2013

[13]山葡萄核心种质初步构建. 温景辉,申海林,邹利人,陈蕾,刘洪章. 2011

[14]宁夏89份粳稻种质遗传多样性的SSR分析. 甘晓燕,李苗,关雅静,陈晓军,宋玉霞. 2009

[15]基于SSR标记的短季棉品种DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析. 陈浩东,肖才升,李庠,匡政成,王为,李育强. 2014

[16]36个贵州主要玉米自交系的SSR遗传分析. 邱红波,叶雨胜,戴保威,彭忠华. 2009

[17]大豆抗旱种质资源遗传多样性的SSR分析. 王振东,陈超力,于佰双,李进荣,王惠. 2010

[18]黑龙江省不同年代主栽春小麦品种的遗传多样性分析. 郑茂波,丁海燕,肖志敏. 2009

[19]基于SSR标记的贵州薏苡种质资源遗传多样性分析. 郭银萍,彭忠华,赵致,陈志兴,高翔,刘胜传,谢云. 2012

[20]非洲甘蓝种质资源遗传多样性的研究与分析. 邓晓辉,聂启军,袁伟玲,甘彩霞,焦春海. 2015

作者其他论文 更多>>

微信小程序