CPP基因家族在糜子泛基因组中的结构变异

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李蕊敏

作者： 李蕊敏;刘天鹏;何继红;董孔军;张磊;李亚伟;杨天育

作者机构：

关键词： 糜子;CPP基因家族;泛基因组;基因结构;Ka/Ks;穗长

期刊名称： 应用与环境生物学报

ISSN： 1006-687X

年卷期： 2024 年 30 卷 006 期

页码： 1245-1254

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用已公布的糜子泛基因组数据，采用生物信息学方法，对CPP家族基因进行鉴定，分析其结构变异、理化性质、染色体分布、系统进化及结构变异与穗长形成的关系.在33份代表性糜子种质泛基因组（含1份参考基因组）中鉴定出16-17个CPP家族基因成员，氨基酸数量为316-1 149，等电点介于5.59-9.57内，不均匀地分布在14条染色体上.系统进化分析将CPP家族分为A、B两大类，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ共4个亚类. PmCPP家族基因均包含在不同同源组内.motif4是糜子PmCPP家族基因的保守基序，而6个基序motif2、motif3、motif6、motif8、motif9和motif15在8个基因PmCPP1、PmCPP5、PmCPP8、PmCPP10、PmCPP11、PmCPP12、PmCPP16和PmCPP17中差别较大.糜子CPP家族基因趋向纯化选择，进化压力Ka

分类号： S516

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