油棕转录组SSR标记开发研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周丽霞

作者： 周丽霞;肖勇;杨耀东

作者机构：

关键词： 油棕;转录组;SSR

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2014 年 41 卷 14 期

页码： 136-138+143

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI网站下载40 728条油棕EST,结合文献报道的油棕果肉转录组序列信息,通过聚类拼接和处理,得到全长为32 637.947 kb的无冗余序列20 054条。在这些序列中共检索出4 538个SSR,检出率为22.6%。其中以单核苷酸重复基序为主导类型,出现频率为51.2%,二核苷酸、三核苷酸重复基序的出现频率分别为20.4%和17.9%。随机挑选了400对SSR引物进行PCR多态性检测,获得29对PCR多态性引物,并随机选取11对引物进行验证,在4种不同来源的油棕样本中表现出多态性。

分类号： S565.9

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