基于黄地老虎转录组测序的SSR和SNP特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 常虹

作者： 常虹;高燕;王思威;王潇楠;刘艳萍;孙海滨

作者机构：

关键词： 黄地老虎;转录组;微卫星;简单重复序列;单核苷酸多态性

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2022 年 49 卷 002 期

页码： 118-125

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]基于黄地老虎转录组测序结果,对其SSR及SNP位点信息进行分析.[方法]对黄地老虎总RNA进行提取,使用Illumina平台对转录组进行测序,利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和SNP位点特征信息进行分析.[结果]黄地老虎转录组数据库包含66469条Unigene序列.利用MISA对Unigene序列进行搜索,得到SSR位点4438个,分布于4048条Unigene序列上,占总序列的6.09%.其中,以单碱基和三碱基重复为主,分别占总重复类型的54.73%和29.29%.A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元.SSR基元包含4~24次重复,以5次重复(21.67%)为主.SSR位点序列长度为12~127 bp,包含3493个中等多态性位点、820个高度多态性位点.利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索,得到转换类型(237619个)和颠换类型(133529个)共371148个.C/T占SNP位点总数的18.61%,比率最高;G/A位居其次(18.28%),均属于转换类型.转换类型(64.02%)显著高于颠换类型(35.98%).[结论]黄地老虎转录组数据库中SSR位点分布频率较高、种类较多且多态性丰富,转换类型是主要的SNP变异类型,可为今后开展黄地老虎种群遗传结构与分化、遗传进化关系、迁飞规律及该害虫综合防治等研究提供重要科学依据.

分类号： S433.4%Q963

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