美人蕉黄条病毒扬州、长沙分离物全基因组的测定与序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 朱晨

作者： 朱晨;唐伟;阴筱;董玲霞;孙厚俊

作者机构：

关键词： 美人蕉;美人蕉黄条病毒;全基因组测定;系统进化分析

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2023 年 36 卷 012 期

页码： 2711-2717

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]解析我国美人蕉黄条病毒(Canna yellow streak virus,CaYSV)的全基因组序列及遗传进化地位,为指导病害防控提供科学指导.[方法]通过反转录-聚合酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)技术和快速扩增cD-NA末端(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中,扩增获得CaYSV全基因组序列,并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进化分析和重组分析.[结果]除poly(A)外,扬州分离物和长沙分离物全基因序列均为9501 nt,开放阅读框(Open reading fragment,ORF)均为9123 nt,编码3040个氨基酸组成的多聚蛋白.序列分析表明,CaYSV扬州分离物和长沙分离物与已报道的CaYSV分离物全基因组核苷酸序列一致率分别为93.9%~99.4%和94.0%~99.5%.根据外壳蛋白(Coat protein,CP)氨基酸序列构建系统进化树,CaYSV可以分为A和B 2个大组,其中A组又分为3个亚组.重组分析表明,CaYSV扬州和长沙分离物中均存在1个重组事件.[结论]CaYSV存在于我国江苏扬州和湖南长沙的美人蕉上.根据CaYSV的CP蛋白氨基酸构建系统进化树,扬州分离物和长沙分离物聚类到A1亚组,与泰国分离物K2、PHC478及俄罗斯分离物KS等亲缘关系较近.

分类号： S682.2+2

  • 相关文献

[1]水稻航天诱变突变体全基因组测序研究. 蒲志刚,王平,向跃武,蔡平钟,张志雄. 2014

[2]美人蕉快繁及茎尖脱毒体系的建立. 陈志,汪一婷,吕永平,牟豪杰. 2018

[3]夏季不同时期浮床植物旱伞草和美人蕉对铜绿微囊藻的化感作用研究. 潘琦,刘娅琴,邹国燕,周文宗,付子轼,刘长娥,宋祥甫. 2019

[4]几种植物净化能力的比较及浮床应用效果研究. 宋伟,周庆,王彦玲,李国锋,韩士群. 2010

[5]进水C/N对表面流—水平流人工湿地氮和COD去除效果的影响. 张燕,刘雪兰,伏春燕,李新华,阎百兴,阎佩佩,石天虹,魏祥法. 2018

[6]不同进水浓度对组合人工湿地脱氮效率的影响. 张燕,刘雪兰,王月明,井庆川,伏春燕,阎佩佩,石天虹,刘瑞亭,魏祥法. 2018

[7]美人蕉根系对铜绿微囊藻的化感作用. 潘琦,邹国燕,宋祥甫,中井智司,付子轼. 2014

[8]鱼塘水面无土栽培美人蕉研究. 吴伟明,宋祥甫,金千瑜,应火冬,邹国燕. 2000

[9]△12-脂肪酸脱氢酶及其编码基因研究进展. 刘永红,张丽静,张洪荣,傅华. 2011

[10]绵羊附红细胞体部分16S rRNA基因序列测定和系统进化分析. 何立雄,黄新,杨华,张云峰,郑金海,周建国,徐雪平,钟发刚. 2009

[11]果实软化相关PG基因的进化分析和基因组定位. 魏潇,刘威生,刘宁,章秋平,张玉萍,刘硕,刘有春. 2011

[12]小麦TaSnRK2.9蛋白激酶基因克隆与生物信息学分析. 连魏卫,唐益苗,高世庆,张朝,赵昌平. 2011

[13]胡麻SUC基因家族的鉴定与生物信息学分析. 齐燕妮,李闻娟,王利民,赵玮,党照,谢亚萍,张建平. 2019

[14]雷蒙德氏棉HSP70基因家族的进化分析及其同源基因在陆地棉中的表达分析. 张毓婷,王敏华,陈家栋,戎均康,丁明全. 2014

[15]长穗偃麦草EeDREB2基因的克隆与生物信息学分析. 孙珊珊,杨涛,柳珊,陈京瑞,赵昌平,唐益苗,高世庆. 2013

[16]柑橘黄龙病病原菌的鉴定及16S rDNA序列分析. 孙大光,郑雪芳,刘波,阮传清,夏育陆,段永平. 2011

[17]高粱基因组DCL家族的系统进化与表达分析. 张腾,尹梦娇,郭红媛,姜晓东,贾举庆,王艳胜,温贺,梁月秀,赵立松,赵威军,吕晋慧,李艳锋,张春来. 2019

[18]亚麻COBRA基因家族的鉴定与生物信息学分析. 齐燕妮,李闻娟,王利民,赵玮,党照,谢亚萍,张建平. 2019

[19]基于mtCOI基因序列的中国葱斑潜蝇不同地理种群遗传多样性分析. 钟裕俊,杜素洁,潘立婷,王玉生,王福莲,刘万学. 2020

[20]菜粉蝶Pain离子通道基因的克隆和功能研究. 毛芬,张晓宇,黄佳,叶恭银. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序