基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 焦阳

作者： 焦阳;姜晓旭;徐洋;谌苗苗;钟亮;徐亮;李喜升

作者机构：

关键词： 柞蚕;基因组;SNP位点;Super-GBS;遗传结构

期刊名称： 蚕业科学

ISSN： 0257-4799

年卷期： 2024 年 50 卷 003 期

页码： 213-221

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于Super-GBS基因分型（super-genotyping-by-sequencing）技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记（single nucleotide polymorphism, SNP）位点挖掘研究，旨在开发性状关联SNP分子标记，为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支撑。以白体色小白蚕为母本、黄体色H04为父本，获得BC1M群体（110个）、F1（3个）、P1（1个）、P2（1个）总计115个柞蚕材料，利用PstⅠ-HF/MspⅠ双酶切基因组构建Super-GBS文库并测序，使用BWA软件将过滤后的序列数据比对到柞蚕参考基因组，采用GATK软件开发SNP标记，使用SnpEff软件注释SNP位点及R语言分析遗传结构。测序共产生序列数据量为106.39 Gb,过滤后的平均读长为0.89 Gb, Q30测序质量值平均为90.11%,比对率平均为98.48%。共得到有效SNP位点141 100个，主要位于基因间隔区、内含子区、基因下游、上游，其中C/T、A/G变异类型最多，转换与颠换的比例为1.296 187∶1。SNP位点变异主要为同义突变和错义突变，产生修饰（MODIFIER）影响。主成分与聚类分析将115个样品分为4组（P1、P2、F1、BC1M）,反映了样品的遗传背景及亲缘关系，群体遗传分化指数FST在0.000 377 7～0.8272间，群体遗传距离DR分布在0.000 4～1.755 6,FST与DR均表现出明显的遗传背景上的聚类。结果表明，Super-GBS技术能够获得大量柞蚕SNP位点信息，可用于SNP标记开发，且开发的SNP标记能够对115个样品的亲缘关系、体色演变进行解释，为今后柞蚕种质资源评价与鉴定、分子标记辅助育种工作奠定基础。

分类号： S885.1

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