甘蔗耐寒相关miRNA的生物信息学分析及其靶基因预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 朱鹏锦

作者： 朱鹏锦;宋奇琦;谭秦亮;程琴;李佳慧;庞新华;周全光;吕平;欧克纬;卢业飞;农泽梅;唐桓伟;龙盛风

作者机构：

关键词： 甘蔗;低温胁迫;耐寒性;miRNA;生物信息学

期刊名称： 广西植物

ISSN： 1000-3142

年卷期： 2022 年 011 期

页码： 1840-1853

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解不同基因型甘蔗（Saccharum officinarum）响应低温胁迫的分子机制，该研究以低温胁迫4℃处理24 h后的3个不同耐寒性甘蔗品种的叶片为材料进行Illumina HiSeqTM 2000高通量测序，构建了18个低温胁迫前后sRNA文库。结果表明：（1）共获得分属于84个家族的322个已知miRNA及预测得到110个新miRNA,并在已知miRNA中筛选出100个差异表达miRNA（61个上调，39个下调）,新miRNA中筛选出37个差异表达miRNA（15个上调，22个下调）。（2）利用psRNATarget、TargetFinder、Tapirhybrid软件对所获得的差异表达miRNA进行靶基因预测，得到1 844个靶基因并进行GO分析揭示其主要功能类别，即分子功能、细胞组分与生物过程。（3）为验证高通量测序数据的可靠性，筛选14个miRNA及其靶基因进行qRT-PCR验证，结果显示这些miRNA均被检测发现且大多表达结果与测序结果一致。（4）鉴定出部分差异表达miRNA的靶基因，这些基因参与植物生长、发育及低温胁迫反应。综上认为，耐寒型甘蔗体内miRNA直接或间接作用靶基因实现表达调控相关代谢途径，对其重要农艺性状均起着关键的调控作用。

分类号： S566.1

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