13种植物actin基因的密码子使用特性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵洋

作者： 杨培迪;刘振;成杨;杨阳

作者机构：

关键词： actin基因;密码子用法;密码子偏性

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2016 年 47 卷 04 期

页码： 519-523

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析13种植物actin基因的密码子组成、密码子偏性及聚类关系,了解其密码子使用模式及影响密码子使用的因素,为深入研究分子进化及物种进化提供参考。【方法】运用Codon W 1.4.4软件分析13种植物的肌动蛋白基因(actin)密码子组成及使用参数,并对影响密码子偏性的因素进行研究。应用MEGA 4.1对13条基因的CDS序列进行聚类分析,采用SPSS 20.0进行密码子偏性的聚类分析。【结果】双子叶植物中actin基因的GC含量为45.0%~51.2%、GC3s含量为36.3%~53.8%,单子叶植物中GC含量为53.0%~58.3%、GC3s含量为60.9%~75.8%;actin基因在单子叶植物中偏爱G/C结尾的密码子,双子叶植物中偏爱A/T结尾的密码子。GC和GC3s与有效密码子数(ENC)呈极显著负相关(P<0.01),相关系数均为-0.906。ENC绘图分析结果表明,actin基因密码子偏性同时受突变和选择压力影响,单子叶植物受选择压力影响的程度大于双子叶植物。基于actin基因密码子偏性的聚类将单子叶植物高粱、玉米聚为一类,水稻、大麦、竹聚为一类,8种双子叶植物聚为一类。【结论】actin基因密码子偏性与碱基组成密切相关,其密码子偏性在单、双子叶植物间存在差异,依据密码子偏性的聚类能在一定程度上反映物种间的亲缘关系。

分类号： Q943.2

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