鲑鳟通用型低通量单核苷酸多态性芯片的开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 邰如玉

作者： 邰如玉;许建;江炎亮;张瀚元;白庆利;杨世勇;徐鹏;赵紫霞

作者机构：

关键词： 鲑科鱼类;单核苷酸多态性芯片;亲权鉴定;群体遗传

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 53-61

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发常见鲑鳟养殖物种通用的遗传分析工具,本研究利用Affymetrix虹鳟(Oncorhynchus mykiss) 57K高通量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,对国内代表性鲑鳟养殖群体开展了分型检测,包括山女鳟(Oncorhynchus masou masou)、银鲑(Oncorhynchus kisutch)、美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)、白斑红点鲑(Salvelinus leucomaenis) 4个物种,从57,501个SNP标记中筛选出96个共享多态性标记,应用Fluigidm 96.96动态芯片平台,构建了大麻哈鱼属(Oncorhynchus)和红点鲑属(Salvelinus)通用型低通量SNP芯片。该芯片分型结果准确性较高,与Affymetrix高通量芯片分型一致性达到96.55%。使用该芯片对来自6个家系的48尾银鲑个体及其候选亲本进行检测,应用Cervus 3.0.7软件进行亲权鉴定,结果能够准确重现复杂家系的真实系谱。在用于单亲本亲权鉴定时,第一亲本非排除率(Non-exclusion probability for first parent, NE-1P)为4.120×10~(–4);用于双亲本亲权鉴定时,双亲非排除率(Non-exclusion probability for parent pair, NE-PP)低至6.219×10~(–12),表明该芯片在鲑鳟养殖群体系谱鉴定应用中具有较高的准确性。使用该芯片开展4个鲑鳟养殖群体遗传结构分析,样本分群聚类结果与其所属的分类阶元相符,能够准确反映群体遗传组分构成和遗传关系。本研究构建的低通量SNP芯片在常见鲑鳟养殖物种中具有良好的通用性,将其应用于养殖群体遗传分析,能够为鲑鳟制种、育种和引种等科学决策提供基因组信息参考。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]基于微流控芯片的鲑科鱼类单核苷酸多态性分型系统构建. 赵紫霞,许建,吴碧银,曹顶臣,白庆利,徐鹏,马卓君. 2022

[2]基于电化学生物传感技术的鱼类IHNV病毒检测方法构建. 赵紫霞,许建,张研,江炎亮,陈强. 2018

[3]虹鳟倍性鉴定SSR标记筛选与应用研究. 马海兵,黄天晴,徐革锋,刘恩慧,谷伟,王高超,郭福元,董福霖,郑龙华,张黎黎,姜再胜,王炳谦. 2024

[4]主要养殖鲑科鱼类遗传育种的研究进展. 户国,谷伟,白庆利,王炳谦. 2012

[5]二十一世纪前十年全球鲑科鱼类养殖状况. 牟振波. 2013

[6]11株鲑源嗜冷黄杆菌药物敏感性分析. 刘媛媛,宋健,樊丹,王荻,邓福容,李绍戊,刘敏. 2022

[7]鲑鳟鱼类育种中常用策略、方法及其应用概述. 户国,谷伟,白庆利,王炳谦. 2014

[8]鲑科鱼类及其养殖状况. 孙大江,王炳谦. 2010

[9]牙鲆家系亲权鉴定的微卫星DNA标记分析. 刘永新,孙朝徽,王玉芬,刘奕,刘英杰. 2015

[10]基于微卫星亲权鉴定技术的短蛸性选择研究. 范婷婷,冯艳微,刘文芬,王卫军,杨建敏. 2020

[11]基于微卫星亲权鉴定对钱塘江中下游三角鲂增殖放流效果的研究. 张敏莹,王邢艳,张婉平,童奇烈,方弟安,周彦锋,徐东坡. 2020

[12]建鲤(Cyprinus carpio var. Jian)微卫星DNA亲权鉴定. 顾颖,李超,鲁翠云,郑先虎,俞菊华,孙效文. 2012

[13]凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)微卫星多重PCR体系的建立及其在家系亲权鉴定中的应用. 李东宇,孔杰,孟宪红,栾生,罗坤,卢霞,曹宝祥. 2016

[14]草鱼的微卫星亲权鉴定. 任昆,白俊杰,樊佳佳,全迎春,于凌云. 2013

[15]微卫星DNA在牦牛亲权鉴定中的应用研究. 张浩,安添午,何建文,韩建林. 2014

[16]翘嘴鳜微卫星标记亲权鉴定技术的建立与应用. 曾庆凯,孙成飞,董浚键,田园园,叶星. 2017

[17]微卫星标记在不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定的适用性. 程鹏,杨爱国,吴彪,周丽青,李霞. 2011

[18]马铃薯块茎性状的配合力分析. 滕长才,张永成. 2009

[19]哈尔滨和湛江雄性褐家鼠Gsk3β差异甲基化区域DNA序列多态性分析与调控功能鉴定. 周钰芳,李夕萱,田林,宋铭晶,马晓慧,王大伟,李宁,宋英,刘晓辉. 2019

[20]长三角地区设施作物上灰霉病菌的群体遗传结构分析. 李伟,卢晓雪,张爱香,周鑫,魏利辉,陈怀谷. 2018

作者其他论文 更多>>

微信小程序