鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
文献类型: 中文期刊
第一作者: 张靖鹏
作者: 张靖鹏;陈翠腾;林琳;付环茹;李兆龙;江斌;黄瑜;万春和
作者机构:
关键词: 信鸽;鸽微RNA病毒;3C基因;序列分析;实时荧光定量RT-PCR方法
期刊名称: 畜牧兽医学报
ISSN: 0366-6964
年卷期: 2024 年 002 期
页码: 860-866
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus, PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus, PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus, PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus, PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL-1;重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。
分类号: S852.65
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