文献类型： 中文期刊
第一作者： 周钱森
作者： 周钱森;任宪云;史鲲鹏;于振兴;刘萍;李健
作者机构：
关键词： 锦绣龙虾;全长转录组;三代测序;功能注释
期刊名称： 海洋渔业
ISSN： 1004-2490
年卷期： 2021 年 43 卷 005 期
页码： 542-552
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 为了获得锦绣龙虾(Panulirus ornatus)丰富的转录组信息和功能基因,采用PacBio平台的Single Molecule Real-Time测序技术,对锦绣龙虾鳃、肝胰脏、肌肉、胃、肠、脑和心脏混合组织进行全长转录组测序,首次获得锦绣龙虾的全长转录本文库.通过测序拼接和去冗余后共获得13297条Unigene,平均长度为2627 bp,获得12660个蛋白编码区和6315条长链非编码RNA序列.采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,共检测出14277个SSR位点,分布在8813条Unigene中.利用NCBI非冗余蛋白序列数据库(non-redundant protein sequences,NR)、基因功能描述分类系统(gene ontology,GO)、蛋白质真核同源数据库(eukaryotic orthologous groups,KOG)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等数据库对全长序列进行功能注释,其中11806条序列得到NR数据库注释,分别比对到424个物种,其中与钩虾(Hyalella azteca)基因相似的序列最多,为3907条;将获得的锦绣龙虾单基因簇与GO数据库进行匹配,划分为细胞组分、分子功能、生物学过程3大类;KOG功能注释将9433条单基因簇分为26个功能组分,其中一般功能预测的最多,为1413条;KEGG注释结果发现,与信号转导通路以及转运、分解代谢通路中注释的基因较多.通过全长转录组测序数据分析及功能注释,可为进一步了解锦绣龙虾的生物学特性、基因功能、相关代谢途径和信号通路等提供理论基础.
分类号： S931
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