南极海域浮游植物群落宏条形码分析中最小分类单元划分方法的比较

文献类型： 中文期刊

第一作者： 罗培铷

作者： 罗培铷;刘璐;陈作志;张吉昌;王新良

作者机构：

关键词： 南极海域;浮游植物群落;18S rDNA;操作分类单元(OTU);扩增子序列变体(ASV)

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2025 年 46 卷 006 期

页码： 129-142

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 近年来，环境DNA宏条形码技术已成为评估海洋浮游植物多样性的重要方法之一，高通量测序结果的分析在一定程度上影响着群落结构信息。本研究对南极海域环境DNA样本进行18S r DNA V4区高通量测序，选取目前应用最广泛的两种最小分类单元划分方法：97%操作分类单元(OTU)和扩增子序列变体(ASV)，对浮游植物群落分析结果进行比较研究。结果显示，两种方法获得的浮游植物群落均主要由甲藻门(Dinoflagellata)、硅藻门(Bacillariophyta)、定鞭藻门(Haptophyta)组成，Simpson和Shannon多样性指数无显著差异，均能较好地反映调查海域浮游植物群落整体特征。两种方法均识别到南极棕囊藻(Phaeocystis antarctica)、无刺环毛藻(Corethron inerme)、双叉角毛藻(Chaetoceros dichaeta)、裸甲藻(Gymnodinium sp.)和原甲藻(Prorocentrum sp.)等南极海域常见优势类群。ASV方法进一步筛选出圆柱拟脆杆藻(Fragilariopsis cylindrus)、克格伦拟脆杆藻(Fragilariopsis kerguelensis)等引起群落差异的重要物种，能够获得更精细的物种信息。相比之下，OTU方法则可能存在注释结果不精准或某些物种相对丰度被低估的现象。因此，当聚焦具体物种时，ASV方法更具应用前景。另外，虽然β多样性在两种方法中没有显著差异，但通过对比研究发现，使用加权的距离指数(Bray-Curtis和加权Unifrac距离)能够增加分析结果的可信度。通过探索最小分类单元划分方法在浮游植物群落结构和多样性分析中表现的差异，可为后续浮游植物群落的多样性研究提供方法选择依据。优化算法和测序区域的选择对浮游植物群落宏条形码多样性研究结果的影响仍需进一步探索。

分类号： Q178.53

  • 相关文献

[1]“猪-草-鱼”生态循环养殖池塘水体营养盐及浮游植物群落结构研究. 张凯,王金林,谢骏,王广军,余德光,李志斐,毛东东,付兵. 2018

[2]不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群的结构差异. 许燕,王印庚,张正,姜燕,廖梅杰,李彬,王凯,李文生. 2018

[3]一株高产糖化酶生产菌的筛选与鉴定. 张文丽,于寒松,朴春红,王舒婷,胡耀辉. 2013

[4]大西洋鲑源尾孢虫的形态观察与分子鉴定. 王荻,孙伟,陆绍霞,李绍戊,曹永生,卢彤岩,刘红柏. 2019

[5]七种骨舌鱼核糖体序列特征及遗传发育分析. 杨叶欣,刘奕,刘超,宋红梅,汪学杰,牟希东. 2022

[6]产紫杉醇内生真菌Z58的分离和鉴定. 苗莉云,刘博,徐曼,周蓬蓬,余龙江. 2012

[7]鸡艾美耳球虫18S rDNA序列与系统进化分析. 蔡兰,韩红玉,黄兵,董辉,赵其平,姜连连. 2011

[8]南极德雷克海峡表层海水酵母菌多样性研究. 李昭,王伟,郝建华,孙谧. 2017

[9]抗MRSA海绵真菌的分离及菌株W0707的鉴定. 吴碧文,胡永华,方哲,黄惠琴,鲍时翔. 2006

[10]转mapk双链RNA表达载体黄瓜对土壤线虫多样性的影响. 赵晓曼,赵松宇,孙婷婷,田雪亮,弭宝彬. 2019

[11]基于环境DNA宏条形码技术的辽东湾典型围海养殖池塘内水母多样性研究. 李玉龙,鲍相渤,李轶平,周遵春,付杰,高祥刚,陈百灵,李云峰. 2022

[12]核酸序列直接分析在真菌鉴定方面的应用. 张志华,洪葵. 2006

[13]刚地弓形虫18S rDNA基因的克隆与序列分析. 黄燕,徐梅倩,曹杰,朱顺海,赵其平,何国声. 2006

[14]伊氏锥虫、马媾疫锥虫、布氏锥虫、刚果锥虫的18S rDNA部分序列测定与系统发育关系. 周勇志,周金林,沈杰,龚海燕,向飞宇,黄兵. 2006

[15]四株马铃薯甲虫白僵菌菌株的鉴定. 马金奉,邓春生,张燕荣,王妮珊,耿兵. 2014

[16]刺参养殖池塘一种小头虫的分类鉴定及遗传多样性分析. 赵宏晶,王印庚,葛建龙,廖梅杰,李彬,荣小军,王锦锦,袁春营,崔青曼,常玉松,施国军. 2024

[17]广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根真菌种类的18S rDNA基因序列分析鉴定及多样性分析. 廖楠,张金莲,李冬萍,李松,袁照年,陈廷速. 2018

[18]基于DNA宏条形码技术的沙氏下鱵幼鱼食性分析. 李玉龙,陈百灵,鲍相渤,周遵春,刘卫东,李云峰. 2023

[19]广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根真菌种类的18S rDNA基因序列分析鉴定及多样性分析. 廖楠,张金莲,李冬萍,李松,袁照年,陈廷速. 2018

[20]海南省香蕉褐缘灰斑病菌的鉴定及ITS序列分析. 王国芬,代鹏,彭军,谢艺贤,黄俊生. 2006

作者其他论文 更多>>

微信小程序