不同氮处理下水稻剑叶叶宽的全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 高易宏

作者： 高易宏;燕金香;涂政军;冷语佳;陈龙;黄李超;代丽萍;张光恒;朱丽;胡江;任德勇;郭龙彪;钱前;王丹英;曾大力

作者机构：

关键词： 水稻;全基因组关联分析;叶宽;氮肥

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2017 年 14 期

页码： 2635-2646

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】探索水稻剑叶叶宽调控及其对氮肥响应的遗传机理,为氮高效水稻新品种的培育提供新的种质资源和基因标记。【方法】以134份水稻地方种质资源为关联分析材料,通过基因组重测序发掘获得了3 356 591个分布于全基因组的高密度SNP位点(single nucleotide polymorphism,SNP)。在大田栽培条件下,以施氮量为主区,品种为裂区的设计,设计低氮(不施氮肥,N0)、正常氮(纯氮96 kg·hm~(-2),N1)和高氮(纯氮192 kg·hm~(-2),N2)3种氮肥处理。于水稻成熟期分别调查水稻剑叶叶宽在低、中、高3种氮肥处理下的表现及响应,结合EMMAX软件计算群体亲缘关系矩阵和EIGENSOFT软件分析群体结构,采用纳入亲缘关系矩阵及群体结构的混合线性模型开展全基因组关联分析。【结果】水稻剑叶叶宽在N0、N1、N2 3种氮肥处理下均呈正态分布,并表现丰富的变异。剑叶叶宽受品种差异及氮水平的影响,且与施氮水平呈显著正相关。在N0、N1、N2氮处理下共检测到14个与剑叶叶宽显著相关的SNP位点。其中,低氮处理下检测到的SNP位点的最小等位基因频率均大于0.46,表明此类SNP在关联群体中广泛存在;中氮和高氮水平下检测到的SNP位点的最小等位基因频率均较小,是一类较为稀有的SNP位点。位于第12染色体上的一个SNP(chr12:15 066 507)位点在正常氮及高氮处理下均被检测到,在高氮处理下还检测到的另一显著性位点,其候选区间内包含一候选基因LOC_Os12g25660,该基因与业已报道的叶宽性状相关基因Os BR6ox同属于细胞色素P450家族。根据不同氮处理下剑叶叶宽的响应,鉴定出20与低氮响应有关的SNP位点,8个位点与高氮响应有关。其中与高氮响应的显著性位点中,位于第1染色体显著性峰候选区间包含业已克隆的与氮素利用相关的基因OsATG7。【结论】通过全基因组关联分析共检测到42个与剑叶叶宽及其在不同氮处理下叶宽响应相关的显著性关联位点。

分类号： S511

  • 相关文献

[1]基于生物量的水稻叶片主要几何属性模型研究. 刘岩,陆建飞,曹宏鑫,石春林,刘永霞,朱大威,孙金英,岳延滨,魏秀芳,田平平,包太林. 2009

[2]紧跟世界科技发展前沿,水稻分子育种初见成效 -广东省农业科学院水稻分子育种进展. 刘斌. 2020

[3]水稻苗期抗稻瘟病基因全基因组关联分析. 陈汝斌,彭沙莎,王丹,康厚祥. 2021

[4]水稻资源开花期耐热性的全基因组关联分析. 潘孝武,黎用朝,刘文强,熊海波,董铮,盛新年,段永红,余亚莹,赵文锦,魏秀彩,李小湘. 2021

[5]广西水稻地方品种核心种质芽期耐盐性全基因组关联分析. 夏秀忠,张宗琼,杨行海,荘洁,曾宇,邓国富,宋国显,黄欲晓,农保选,李丹婷. 2022

[6]利用水稻MAGIC群体关联定位白叶枯病抗性QTL和创制抗病新种质. 陈天晓,朱亚军,密雪飞,陈凯,孟丽君,左示敏,徐建龙. 2016

[7]全基因组分析策略应用于水稻抗稻瘟病基因鉴定的研究和进展. 梁廷敏,陈在杰,陈松彪. 2019

[8]栽培稻芽期耐低温全基因组关联分析. 逄洪波,程露,于茗兰,陈强,李玥莹,吴隆坤,王泽,潘孝武,郑晓明. 2022

[9]广西地方稻种资源核心种质红色种皮全基因组关联分析及鉴定两个新的Rc等位基因. 农保选,夏秀忠,张宗琼,曾宇,刘开强,邓国富,李丹婷. 2017

[10]水稻糯性相关基因的全基因组关联分析. 农保选,夏秀忠,张宗琼,曾宇,刘开强,邓国富,李丹婷. 2016

[11]广东水稻核心种质耐冷萌发全基因组关联分析. 丁杰荣,孙炳蕊,于航,江立群,张静,吕树伟,陈文丰,范芝兰,潘大建,李晨,刘清. 2022

[12]云南水稻新品系重要农艺性状全基因组关联分析. 杨丹丹,李小林,吕莹,邓伟,徐雨然,奎丽梅,涂建,谭静. 2023

[13]不同氮水平下水稻钾吸收及全基因组关联分析. 邹伟伟,路雪丽,王丽,薛大伟,曾大力,李志新. 2019

[14]广西水稻地方品种核心种质稻瘟病抗性位点全基因组关联分析. 陈灿,农保选,夏秀忠,张宗琼,曾宇,冯锐,郭辉,邓国富,李丹婷,杨行海. 2021

[15]水稻种子耐厌氧萌发全基因组关联分析. 刘利成,李小湘,黎用朝,潘孝武,闵军,刘三雄,刘文强,胡敏,段永红,余亚莹,张海清. 2021

[16]基于NCⅡ遗传交配设计的籼稻抽穗期全基因组关联分析. 徐凯,郑兴飞,张红燕,胡中立,宁子岚,李兰芝. 2023

[17]玉米叶形相关性状的Meta-QTL及候选基因分析. 郭书磊,张君,齐建双,岳润清,韩小花,燕树锋,卢彩霞,傅晓雷,陈娜娜,库丽霞,铁双贵. 2018

[18]基于B样条曲线的水稻叶片几何参数测量系统. 路艳,杨红云,周琼,孙玉婷,殷华. 2019

[19]一个大麦突变体库的构建及其叶宽突变体的细胞学初步分析. 秦丹丹,许甫超,徐晴,彭严春,葛双桃,董静,焦春海. 2021

[20]利用RNA-Seq发掘玉米叶片形态建成相关的调控基因. 郭书磊,鲁晓民,齐建双,魏良明,张新,韩小花,岳润清,王振华,铁双贵,陈彦惠. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序