栽培种西番莲基因组序列及比较基因组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴艳艳

作者： 吴艳艳;刘洁云;田青兰;黄永才;黄伟华;夏秀忠;杨行海;牟海飞

作者机构：

关键词： 栽培种西番莲;基因组;基因注释;系统进化;生物信息学

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2020 年 005 期

页码： 2103-2110

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 栽培种西番莲是中国南方广泛种植的果树,但是其基因组信息尚不清楚,严重制约了西番莲分子遗传学研究.本研究利用高通量测序得到的14.1 Gb原始数据及165.7 Mb组装到Scaffold水平、代表栽培种西番莲基因组的序列进行生物信息学分析.结果表明,西番莲基因组中含有大量的简单序列重复(simple sequence repeats, SSR).通过与木薯和桃树基因组比对,西番莲基因组有23 053个预测基因.利用NR、Swiss Port、KEGG、InterPro、Pfam和GO数据库,西番莲预测基因能比对到282个植物基因组上.利用GO数据对注释基因的功能进行归类,即Biological process、Cellular component和Molecular function,再细化为41个二级功能,大部分基因与碳水化合物、有机酸、脂等代谢途径相关.KEGG通路富集将基因功能分为5大类19个二级功能,众多基因与新陈代谢通路相关,其中最大一类是碳水化合物代谢相关基因.通过基因家族的聚类分析,栽培种西番莲12 767个基因可以聚类到9 868个基因家族中,平均每个家族包含有1.29个基因,同时有291个特有基因家族.在进化关系中,栽培种西番莲与毛果杨和蓖麻的亲缘关系较近.本研究为西番莲的基因功能研究和分子育种奠定基础.

分类号： S667.9

  • 相关文献

[1]基于PacBio三代测序的香瓜茄(人参果)基因组的组装. 司诚,钟启文,杨世鹏. 2022

[2]哈茨木霉Th-33全基因组序列测定与分析. 蒋细良,庞莉,王丽荣,李梅. 2016

[3]奶牛瘤胃微生物BAC文库中ACCase基因的筛选与生物信息学分析. 赵圣国,王加启,卜登攀,刘开朗,朱雅新,周凌云. 2011

[4]中国闪蛱蝶亚科线粒体全基因组测定及系统进化研究. 曹天文,王菊平,张敏,聂新平,宣善滨,马恩波. 2019

[5]百脉根TALE转录因子家族的鉴定与生物信息学分析. 丘日光,张天缘,杨仕梅,宋莉,赵德刚. 2019

[6]辣椒WOX转录因子家族的鉴定、进化与表达分析. 张烨达,王星,王丽萍,佟静,武占会,高彦魁. 2023

[7]甘薯PHB基因家族的全基因组鉴定和表达分析. 梅玉琴,刘意,王崇,雷剑,朱国鹏,杨新笋. 2023

[8]梅花鹿生长激素受体(GHR)基因完整编码区序列生物信息学分析. 宋兴超,杨福合,巴恒星,邢秀梅,魏海军. 2012

[9]荔枝铝激活苹果酸转运蛋白基因家族的鉴定及表达分析. 钱义容,王弋,全振炫,郑雪文,李伟才,董晨. 2023

[10]受棉铃虫诱导的棉花糖基转移酶UGT基因家族的生物信息学及表达分析. 玛依拉·玉素音,阳妮,徐海江,杨延龙,张大伟,李春平,石必显,赖成霞. 2023

[11]杧果FPPS基因的鉴定和序列分析. 盖江涛,朱敏,党志国,陈华蕊,陈振玺,王鹏. 2016

[12]蔷薇科植物MLO蛋白家族的生物信息学分析. 向贵生,王开锦,晏慧君,李淑斌,周宁宁,唐开学,邱显钦. 2018

[13]马鹿生长激素(GH)基因生物信息学预测及分析. 宋兴超,杨福合,刘汇涛,徐超,魏海军,邢秀梅. 2012

[14]香蕉Ran家族基因的全基因组分析. 张雅玲,方智振,赖钟雄. 2015

[15]假眼小绿叶蝉微卫星位点的生物信息学分析. 李倩,陈学新,韩宝瑜. 2016

[16]中国莲PHT1家族成员的生物信息学分析. . 2020

[17]特色农业微生物基因组研究系统的建立. 郑斯平,陈彬,宋亚娜,关雄,郑伟文. 2010

[18]基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析. 李凌,张磊,晁江涛,龚达平,李凤霞,王倩,丁安明,陈雅琼,孙亭亭,孙玉合. 2014

[19]雷蒙德氏棉PIF-like转座元件鉴定与特征分析. 徐珍珍,彭珍,刘静,沈新莲,杜建厂. 2016

[20]西方蜜蜂Sirtuin蛋白家族基因鉴定及表达分析. 宋文菲,刘娜,苗春辉,余玉生,胡宗文,王艳辉,李亚辉. 2023

作者其他论文 更多>>

微信小程序