褪黑素诱导西伯利亚百合的转录组分析及LoERF96基因克隆

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘烨

作者： 刘烨;孙亮;赵国林;彭梦群;贾文杰;李想;张小平;王有国

作者机构：

关键词： 百合;LoERF96;基因克隆;转录组;生物信息学分析

期刊名称： 云南农业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1004-390X

年卷期： 2024 年 39 卷 004 期

页码： 119-130

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】研究西伯利亚百合萌发阶段的分子调控机制，筛选响应褪黑素、促进百合鳞茎萌发的潜在乙烯响应因子(ethylene response factor,ERF)。【方法】对褪黑素处理下的西伯利亚百合小鳞茎关键时期样本进行转录组测序分析，并对差异表达基因进行功能注释，筛选响应褪黑素、促进百合鳞茎萌发的ERF潜在基因。对筛选的关键基因LoERF96进行克隆和生物信息学分析，通过实时荧光定量分析小鳞茎4个不同生长发育时期中LoERF96基因的表达量。【结果】根据转录组数据筛选得到780个差异表达基因，其中上调表达基因392个，下调表达基因388个。GO富集分析结果显示：富集的差异基因主要生物学过程包括代谢过程、细胞过程、生物调节、刺激响应、信号、生殖过程等。KEGG代谢途径分析结果显示：差异基因的代谢途径包括植物激素信号转导、植物MAPK信号途径、苯丙烷生物合成、淀粉和蔗糖代谢、光合作用、碳代谢、内质网中的蛋白质加工等。通过同源克隆得到LoERF96基因，该基因序列全长435 bp，编码144个氨基酸，有1个AP2保守结构域，蛋白相对分子质量约为16.32 ku，理论等电点为4.94，是没有跨膜结构的亲水性蛋白，预测亚细胞定位于细胞核中。RT-qPCR表达结果显示：在百合4个不同生长发育过程中，LoERF96基因的相对表达量总体呈先上升后下降的趋势。【结论】西伯利亚百合中的乙烯响应因子LoERF96受褪黑素诱导表达，这一结果为探究百合AP2/ERF转录因子萌发阶段的生物学功能提供了理论基础和参考。

分类号： S682.29

  • 相关文献

[1]百合LdGASA1基因克隆与生物信息学及表达分析. 李雪艳,胡新颖,白一光,王伟东,周俐宏,赵统利,杨迎东,刘威生. 2023

[2]百合LoXTH23基因克隆、生物信息学分析及在鳞茎休眠解除过程中的表达动态. 张济民,王浩,贾文杰,孙亮,张小平,王有国. 2023

[3]基于转录组的‘三月李’及其红肉突变体ARF基因家族鉴定及分析. 方智振,姜翠翠,周丹蓉,潘少霖,叶新福. 2019

[4]三月李及其红肉突变体Aux/IAA家族基因鉴定及分析. 方智振,姜翠翠,周丹蓉,潘少霖,叶新福. 2020

[5]基于番红花转录组的碳氮代谢基因挖掘. 周琳,杨柳燕,蔡友铭,王桢,张永春. 2020

[6]基于转录组的三月李及其红肉突变体Expansin基因家族鉴定及分析. 方智振,林炎娟,姜翠翠,周丹蓉,潘少霖,叶新福. 2020

[7]基于RNA-Seq技术的乒乓菊转录组分析. 周琳,蔡友铭,张永春,杨柳燕,姚建军,薛建平,叶燕萍,席祖路,于忠正. 2020

[8]高温胁迫条件下大菱鲆肾脏转录组研究. 杨凯,黄智慧,马爱军,刘晓菲,杨双双. 2020

[9]基于高通量测序的建兰转录组信息分析. 樊荣辉,林兵,吴建设,钟淮钦. 2023

[10]百合基因工程研究进展(综述). 李宏宇,马鸿翔,雷家军,余桂红,陆维忠,周淼平,周建涛. 2006

[11]灰葡萄孢菌诱导的百合转录辅激活因子LlMBF1a基因的克隆及其特征分析. 曹兴,张秀省,侯栋,隋娟娟,穆红梅,高祥斌,吕福堂,郭尚敬,王桂清. 2018

[12]百合肌动蛋白基因lilyActin的克隆与表达分析. 梁云,袁素霞,冯慧颖,徐雷锋,袁迎迎,刘春,明军. 2013

[13]花生谷氨酸脱氢酶基因AhGDH1的克隆与生物信息学分析. 陈湘瑜,徐日荣,林栩松,唐兆秀. 2016

[14]灰毡毛忍冬MADS-box基因家族AGL15基因的克隆、生物信息学和表达分析. 蔡嘉洛,朱贻霖,陈林,樊悦,刘峰,张亚丽,欧阳琳,刘湘丹. 2016

[15]栽培种花生FAE1基因的克隆和序列分析. 张欣,孙全喜,吴琪,王秀贞,胡东青,唐月异,王志伟,宋国生,徐建志,殷冬梅,王传堂. 2018

[16]小偃麦异附加系TaXTH基因的克隆与生物信息学分析. 黄春丽,宋静,李全权,郭庆东,田秋菊,高居荣,王洪刚,封德顺. 2015

[17]小麦ent-柯巴基焦磷酸合酶基因TaCPS1的克隆与荧光定量分析. 郭庆东,李全权,田秋菊,钱艳丽,许田,杨艳林,王洪刚,封德顺. 2016

[18]菊花抗白色锈病相关基因CmDREBa-2的克隆及表达分析. 熊超明,赵兴华,贾红梅,延昕,毛洪玉. 2018

[19]杜仲BR受体蛋白基因EuBRI1克隆及生物信息学分析. 刘明月,赵懿琛,赵德刚. 2018

[20]芝麻抗裂蒴基因SiIND1的克隆与原核表达. 刘艳阳,武轲,梅鸿献,杜振伟,崔承齐,江晓林,郑永战. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序