瓜类果斑病菌(Acidovorax citrulli)基因组信号肽预测分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王铁霖

作者： 严婉荣;闫莎莎;杨玉文;赵廷昌

作者机构：

关键词： Acidovorax citrulli;信号肽;分析

期刊名称： 中国瓜菜

ISSN： 1673-2871

年卷期： 2012 年 25 卷 01 期

页码： 1-6

摘要： 利用Signal 3.0、LipoP和TargetP对瓜类果斑病菌Acidovor axavenae subsp.citrulli AAC00-1菌株基因组中4709个ORFs进行分析,对该病菌基因组中信号肽的数量、长度和氨基酸组成进行了预测,并对其进行分类。结果确定其中476个ORFs所编码的N-端有信号肽序列,占全部ORFs的10.10%。信号肽长度为14～48个氨基酸,以20～35个氨基酸居多,26个氨基酸的信号肽最多。组成信号肽的氨基酸中,非极性氨基酸占47.80%,极性氨基酸占23.04%,带负电荷的酸性氨基酸占15.87%,带正电荷的碱性氨基酸占8.73%。预测的476条信号肽中,有384条分泌型信号肽(SPI),40条脂蛋白型信号肽(SPII),51条TMHI型信号肽和1条CYT型信号肽。在分泌型信号肽中,有96个信号肽具有RR-motif的保守区段。

分类号： S436.5

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