谷子LEA基因家族全基因组鉴定及表达分析

文献类型: 中文期刊

第一作者: 宋 梦瑶

作者: 宋 梦瑶;李 娜;秦 家范;郭 冰;李 春霞;李 君霞;马 小倩

作者机构:

关键词: 谷子;LEA基因家族;生物信息学;系统发育树;顺式调控元件;共线性

期刊名称:

ISSN: 1002-2481

年卷期: 2025 年 53 卷 3 期

页码: 16-26

摘要: 为探究谷子LEA基因家族的特征和功能,基于已发表的拟南芥LEA蛋白序列,通过生物信息学方法对谷子LEA家族成员进行全基因组鉴定,分析SiLEAs编码蛋白的理化性质、保守基序、系统发育树、顺式调控元件、共线性和组织表达模式等。结果表明,谷子LEA家族成员中共鉴定出33个SiLEAs成员,SiLEAs不均匀地分布在9条染色体上;亚细胞预测结果发现,SiLEAs在细胞核、细胞质、叶绿体和线粒体中均有存在。通过系统发育树分析发现,不同亚家族均分为3组,同一亚家族的SiLEAs成员大多表现出相似的基因结构和保守基序成分特征;顺式调控元件分析表明,在SiLEAs的启动子区存在许多与植物激素和逆境胁迫相关的反应元件;物种间共线性分析发现,谷子与单子叶植物共线基因对远大于双子叶植物的共线基因对;通过对SiLEAs基因表达模式分析发现,SiLEA3-6SiLEA3-7SiDHN-4SiDHN-1SiLEA3-8在根、茎、叶、开花前和开花后7 d中高表达,并且这5个基因也均含有与生长发育相关的元件,暗示SiLEA3-6SiLEA3-7SiDHN-4SiDHN-1SiLEA3-8可能是谷子LEAs基因家族响应生长发育的关键基因。

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