基于转录组的3种缬草SSR位点信息比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王鑫

作者： 王鑫;武俊达;姜玲玲;周景瑞;吕中允;罗文菊;艾蓉;舒福兴;许浩翔;冉江;雷露;钟学志;余波

作者机构：

关键词： 缬草;SSR位点;转录组;PCR

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2024 年 005 期

页码： 796-805

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为研究3种缬草SSR分子标记的差异，开发相应的引物用于缬草的鉴定及分子育种。本研究采用Excel和MISA软件对3种缬草转录组中SSR位点数据进行分析，利用Primer 3.0软件随机设计SSR引物，并进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证引物的有效性和SSR的多态性。结果显示，缬草Valeriana officinalis L.(VOL)、Valeriana officinalis var.iatifolia Miq.(VOI)及Valeriana officinalis var.officinalis Linn.(VOO)的转录组数据分别包含29 462、40 840和29 280个序列总数(Unigene),这些Unigene分别包含7 515、8 046和7 330个SSR位点。3种缬草的SSR位点的发生频率为25.50%、19.71%、25.05%,平均距离为4.16 kb、4.20 kb、4.22 kb。SSR单碱基重复基元的主要类型为A/T型，占SSR总数的41.76%、41.30%、38.50%。VOL、VOI、VOO 3种缬草的独有重复基元数量分别是44种、45种、25种。随机设计的引物扩增SSR的有效率为77.78%,具有SSR高多态性的引物占比55.56%。总之，3种缬草的SSR位点具有分布密度高、出现频率高、重复基元类型多等特点，多态性好，可为3种缬草后续的鉴定及分子育种提供理论依据。

分类号： S567

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