金花菜与苜蓿属主要物种基因组SSR分布特征的比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周勃

作者： 周勃;任海龙;张龑;高强;徐麟;邹集文

作者机构：

关键词： 金花菜;蒺藜苜蓿;紫花苜蓿;基因组;SSR

期刊名称： 新疆农业科学

ISSN： 1001-4330

年卷期： 2022 年 59 卷 009 期

页码： 2217-2223

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]分析金花菜基因组SSR序列的分布特征,并与苜蓿属主要物种进行比较,为金花菜SSR分子标记的开发提供理论依据.[方法]利用MISA软件对金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的高质量基因组进行搜索,比较分析搜索到的SSR序列分布特征.[结果]在金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的基因组中,分别筛选到195753个,242434个和390496个完整的SSR序列,相对密度分别为428、564和478个/Mb,SSR序列的总长度分别为3611698、3657503和6307211 bp,占各自基因组序列总长度的0.79%、0.85%和0.77%.在1~6个不同核苷酸重复单元中,金花菜和蒺藜苜蓿的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多,依次是二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,而紫花苜蓿的六核苷酸重复单元多于五核苷酸重复单元.A、T、AT、TA、AG和TC是3种苜蓿共有的常见重复单元类型,金花菜基因组低片段长度的SSR比例高于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿.[结论]金花菜基因组SSR的分布密度低于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿,重复单元类型较丰富,具有较大的多态性标记开发潜力.

分类号： S188%S551+7

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