文献类型： 中文期刊
第一作者： 逄洪波
作者： 逄洪波;程露;于茗兰;陈强;李玥莹;吴隆坤;王泽;潘孝武;郑晓明
作者机构：
关键词： 水稻;芽期;耐冷性;发芽率;全基因组关联分析
期刊名称： 中国农业科学
ISSN： 0578-1752
年卷期： 2022 年 55 卷 021 期
页码： 4091-4103,中插1-中插7
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： [目的]水稻是重要的粮食作物,芽期是水稻生长发育过程中最脆弱的时期,直播稻遭遇冷害时发芽率大幅降低,减产严重.深入了解耐冷性的遗传机制,为培育芽期强耐受性水稻品种奠定基础.[方法]以世界范围内14个国家代表性的238份水稻种质资源为试验材料,于2021和2022年在沈阳开展表型鉴定试验,统计不同水稻品种在人工气候培养箱15℃低温条件下第1—10天的发芽率和相对发芽率,利用R语言绘制5—10 d的频率直方图,通过表型丰富度Hill值选择宜作关联分析的天数,将发芽率和相对发芽率表型数据与重测序数据相结合,进行基于混合线性模型MLM(QK)的全基因组关联分析,并对所获得的SNP位点进行耐冷候选基因的预测.[结果]发芽率频数分布直方图和表型丰富度计算结果显示第8天发芽率多态性最好,其Hill值为0.84,高于其他几天发芽率(0.48—0.83),可用于全基因组关联分析;主成分分析结果显示,这些水稻品种可以分为indica、aus、temperate japonica、tropical japonica和aromatic 5个亚群;2个指标进行的GWAS分析检测到3个相同的显著性SNP位点,均位于第4染色体,解释表型的11.9%—25.4%;在上下游各50 kb进行基因搜索,共发现24个相关候选基因,进一步开展LD和单倍型分析,发现LOC_Os04g24840和LOC_Os04g25140的不同单倍型耐冷性之间存在极显著差异.LOC_Os04g24840被编码区SNP分为5个单倍型,且Hap_3的耐冷性显著强于Hap_1;LOC_Os04g25140被编码区SNP分为18个单倍型,且77 bp处的氨基酸变异(S>L)存在籼粳差异.结果表明,编码糖基转移酶的基因LOC_Os04g24840和编码F-box蛋白基因LOC_Os04g25140可能与水稻芽期耐冷性密切相关.[结论]在238份水稻种质资源中共检测到3个与芽期耐冷性显著关联的SNP位点,筛选出2个与水稻芽期耐冷性相关的候选基因.
分类号： S511
- 相关文献
[1]广西水稻地方品种核心种质芽期耐盐性全基因组关联分析. 夏秀忠,张宗琼,杨行海,荘洁,曾宇,邓国富,宋国显,黄欲晓,农保选,李丹婷. 2022
[2]一种精确鉴定和评估水稻芽期耐冷性的方法. 肖宇龙,王智权,雷建国,邱在辉,陈红萍,王晓玲,余传元. 2014
[3]松嫩平原水稻芽期耐盐碱鉴定与分级评估. 孟英,徐英哲,唐傲,刘猷红,董文军,王立志,刘凯,来永才. 2022
[4]水稻抗冷性与不同生长阶段的关系. 李太贵,R.M.VISPERAS,B.S.VERGARA. 1981
[5]湖南早籼稻品种芽期和苗期耐冷性初步研究. 李小湘,黎用朝,肖小平,刘文强,盛新年,段永红. 2015
[6]野生稻DNA导入后代的耐冷性鉴定筛选. 李树华,杨丽娟,杨庆文,郑国保. 2009
[7]江西省早稻主栽品种可控条件下芽期耐冷性鉴定. 肖宇龙,钟家有,胡启锋,林洪鑫,雷建国,王智权,王晓玲,余传元. 2014
[8]贵州稻种资源芽期耐冷性研究. 邓光辉,张再兴,曾令祥,代继跃,金桃叶,杨玉顺. 1989
[9]95份玉米自交系萌发期耐冷性鉴评与遗传基础分析. 刘杰,张春宵,李淑芳,郑大浩,梁烜赫,王宇,刘文平,刘学岩,曹铁华,李晓辉. 2021
[10]不同温度条件下茄子发芽率与其低温耐性关系初探. 井立军,王利英,石瑶,刘文明,包崇来. 2004
[11]寒地粳稻品种芽期耐碱性筛选. 杜志强,张玉先,田中艳,卞景阳,孙兴荣. 2017
[12]基于CSSL的水稻芽期耐盐性QTL定位. 赵春芳,张善磊,赵庆勇,周丽慧,赵凌,姚姝,张亚东,王才林. 2017
[13]湖南水稻种质资源普查中耐旱种质的芽期耐旱性鉴定. 段永红,余亚莹,邓晶,李小湘. 2020
[14]渗透胁迫对水稻芽期抗旱性的影响. 赵运林,李小湘. 2012
[15]不同水稻品系芽期耐盐性比较分析. 张岩,许兴,朱永兴. 2016
[16]全国水稻高产、优质、多抗新品种新组合的抗冷性鉴定研究. 杨兆凤,李明生,王贵才,侯连运. 1997
[17]水稻重组自交系群体芽期和苗期耐盐性鉴定与评价. 张燕红,侯天钰,巴音花,赵彩月,吕玉平,布哈丽且木·阿不力孜,赵志强,李冬,杜孝敬,袁杰,王奉斌. 2023
[18]基于隶属函数值法的直播稻芽期和幼苗期耐低温淹水能力综合评价. 张晓丽,陶伟,陈雷,高国庆,张小泉,梁天锋,唐茂艳. 2021
[19]寒地水稻种质资源芽期耐冷鉴定研究. 郭震华,周雪松,王立楠,蔡丽君,潘国君. 2024
[20]利用染色体单片段代换系定位水稻芽期耐冷QTL. 杨梅,嵇朝球,王军,杨杰,范方军,李文奇,王芳权,梁国华. 2015
作者其他论文 更多>>
-
"双季同种"水稻新品种松雅7号的选育与思考
作者：刘利成;闵军;黎用朝;刘三雄;胡敏;潘孝武;唐善军;王政卿
关键词：水稻;双季稻;双季同种;优质;松雅7号
-
全基因组关联分析在5种农作物中的应用及展望
作者：王乐;于茗兰;陈强;柳雨汐;郑晓明;逄洪波
关键词：全基因组关联分析;农艺性状;单核苷酸多态性;农作物
-
多样性苦瓜资源果实品质评价分析
作者：刘玲;钟玉娟;谢大森;徐颖超;林越;林惠境;郑晓明;薛舒丹
关键词：苦瓜;果实品质;相关性分析;聚类分析;综合评价模型
-
高蛋白大豆冀豆12及其衍生品种(系)的特点与遗传分析
作者：张旭娟;陈强;赵田湉;刘书林;杨春燕;秦君;乔亚科;张孟臣
关键词：冀豆12;衍生品种;创新种质;重测序;遗传关系
-
广西野生稻种质资源的抢救性调查收集及其抗病性初步鉴定
作者：郭文龙;梁云涛;罗翠婷;乔卫华;吴宇翔;程云连;何金富;张丽芳;李克敌;徐志健;黄雪琼;肖晓蓉;郑晓明;杨庆文
关键词：野生稻;濒危状况;收集;种质资源;抗性鉴定
-
高油高产夏大豆冀豆26的选育
作者：冯燕;刘兵强;孟庆民;陈强;黄冀楠;刘晓燕;史晓蕾;闫龙;张孟臣;杨春燕
关键词：大豆;冀豆26;高油;高产;品种选育
-
氮处理对高粱氮代谢相关基因NR、GS、GOGAT表达的影响
作者：徐洪超;王增雪;逄洪波;王兰兰;李雪梅;马莲菊;张飞;李玥莹
关键词：氮处理;基因表达;高粱;氮代谢;基因相对表达量
