盐胁迫下大麻SSR标记的分布特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陶杰

作者： 陶杰;张江江;常丽;张翠萍;李建军;张超;李德芳;赵立宁

作者机构：

关键词： 大麻;转录组;SSR标记;分布特征

期刊名称： 中国麻业科学

ISSN： 1671-3532

年卷期： 2022 年 44 卷 001 期

页码： 5-12

摘要： 为探究盐胁迫对大麻遗传育种改良的影响,试验对盐胁迫条件下大麻转录组测序数据进行了SSR位点标记的挖掘,并对大麻转录组数据中SSR位点标记、SSR位点信息和序列分布特征等进行了分析.结果表明:共检测出84483条Unigene序列,序列总长87.31 Mb.筛选出27861个SSR位点,SSR标记的检出率为33.10%,即平均3.13 kb就会出现一个SSR位点,其中以单、二和三碱基重复为主,检出率分别为52.73%、23.26%和22.16%;重复基元主要为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占52.57%、11.32%、10.25%和6.69%.通过Primer 3.0在线软件获得17894条SSR引物序列,引物中SSR位点重复长度绝大多数集中在10~21 bp,占SSR重复总数的79.72%,其中最长重复长度为226 bp.该研究构建的盐胁迫下大麻SSR位点信息与分布特征分析,可为研究大麻分子标记辅助育种、EST-SSR标记的开发等提供信息资源.

分类号： S563.3

  • 相关文献
作者其他论文 更多>>

微信小程序