基于群体分化指数F_(ST)的绵羊全基因组选择信号检测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曾滔

作者： 曾滔;赵福平;王光凯;吴明明;魏彩虹;张莉;李利;张红平;杜立新

作者机构：

关键词： 绵羊基因组;选择信号;候选基因;群体分化指数(FST)

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2013 年 44 卷 12 期

页码： 1891-1899

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究基于苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)3个群体的Illumina Ovine SNP50芯片分型数据,借助群体分化指数FST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因。结果,共找到343个"离群"位点,通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基因。其中部分基因与绵羊生长、繁殖及肉质性状相关,如IGF2PB3、IGF1R、BMP2、BMPR1B、CAPN3等,本研究结果也进一步验证了前期利用CNV和GWAS研究检测到的基因结果。通过GO分析发现,这些基因主要富集在新陈代谢和去甲基化等条目。通过群体分化指数FST能有效地检测到具有选择信号的基因,其中包括绵羊部分重要经济性状的候选基因,研究结果能为绵羊的育种提供参考。

分类号： S826

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